Windows 10 Fall Creators Updateから、シャットダウン時に起動していたブラウザなどの一部のアプリケーションが、起動時に立ち上がるようになりました。
MSからすると便利になったでしょ？的な変更でしょうが、個人的には余計なことをしないでほしいです。（完全なシャットダウンは [Shift]キーを押しながらやってねとか言いますし。。。）
下記をバッチファイルに書いて、ダブルクリックするとウインドウが開いて、そちらからシャットダウンすると次回起動時に立ち上がりません。（本当は、レジストリいじるとか、設定で変えられるとかしてくれると嬉しいのですが。。）
shutdown.bat
mshta.exe vbscript:close(CreateObject("Shell.Application").ShutdownWindows)
マウスでやる場合、スタートボタンからやるより、1手減るので割りとイイなぁと思ったりもします。あと、管理権限とかバッチファイルに付けなくても動くので、シャットダウンコマンドよりも良いかなぁと思います。