画像が真っ白になる理由

SHAPのsummary_plotで描画したグラフを保存したいとき、下のように書くと真っ白な画像が保存されてしまう。

shap.summary_plot(
  shap_values=shap_values,
  features=X,
  feature_names=X.columns,
)

plt.savefig("image.png") # 画像を保存

この理由は以下の通り。

実はsummary_plotの内部でplt.show()が実行されている。
plt.show()でグラフを描画すると、そのグラフのデータは消されてしまうため、その後にplt.savefig()を実行しても保存する画像のデータがなくなってしまっている。
だから、仕方なく真っ白な画像が保存されてしまうという訳である。

したがって、summary_plotの内部ではplt.show()は実行しないで、plt.savefig()した後にplt.show()を実行すればよい。

解決法

summary_plotのshowというパラメータをFalseにすれば、内部のplt.show()が実行されないので、下のように書けば解決できる。デフォルトではshowはTrueになっている。

shap.summary_plot(
  shap_values=shap_values,
  features=X,
  feature_names=X.columns,
  show=False, # ←これを追加
)

plt.savefig("image.png") # 画像を保存
plt.show() # グラフを描画

dependence_plotやforce_plot、waterfall_plotにもshowというパラメータがあるので、これらに関しても同様にして解決できる。

参考までにsummary_plotの公式リファレンスを貼っておくので、パラメータについて詳しく知りたい方はどうぞ。

shap.summary_plot