はじめに (残念ポイント)
- PlotlyのSankey-diagramは2node間で最大3本までしかlinkを引けない仕様のよう。
labelを用いてlinkを関連付け・細分化するとあっさり3本くらいは行くため、
ともすれば気づかない間に非表示linkが出現する、とてもとても注意。 - nodeのデフォソートはlinkのvalueで (主に？) 決まっているようだ、 アルファベット順にはならない。
例示用データ
airqualityデータを適当に加工して、それっぽいデータをでっちあげる。
イメージは30人の顧客ランク × 2or3ヶ月。
横持ちの方がやりやすいので横持ちに変換しておく。
# 使用パッケージ読み込み
library(plotly); library(tidyverse)
# 例示用データ作成
d <- airquality %>%
as.tibble() %>%
filter(Day != 31, Month %in% c(5, 7, 9)) %>%
mutate(Rank = as.integer(cut_interval(Wind, 3)),
Month = paste0("m", Month)) %>% # 横持ち変換で列名が`数字`となるのを回避
select(ID = Day, Month, Rank) %>%
spread(Month, Rank) # 横持ちに変換
こんなデータです
| ID | m5 | m7 | m9 |
|---|---|---|---|
| 1 | 1 | 1 | 1 |
| 2 | 1 | 2 | 1 |
| 3 | 2 | 2 | 1 |
| 4 | 2 | 2 | 1 |
| 5 | 2 | 1 | 1 |
| 6 | 3 | 2 | 3 |
単純な例 (x 2ヶ月)
最低限必要なものは4つ。
1. node label (重複は許されない)
2. link source (node labelのindexで指定、外部用なので0から始まる点に注意)
3. link target (node labelのindexで指定、外部用なので0から始まる点に注意)
4. link value
## とりあえず数えあげたのち、列名を要素にpasteして列間での要素名の重複を排除。
d1 <- d %>%
count(m5, m7) %>%
mutate(m5 = paste("m5", m5, sep = "."),
m7 = paste("m7", m7, sep = "."))
## node_labelは各列の要素を全部まとめてユニークをとる、sortはミス防止のため。
node_label <- d1 %>%
select(m5, m7) %>%
unlist() %>%
unique() %>%
sort()
## link sourceとlink targetはfactorの特性を用いてindexを算出するのが楽。
## 最後にマイナス1するのを忘れないように。
link_source_nodeind <- d1 %>%
pull(m5) %>%
factor(levels = node_label) %>%
as.numeric() %>%
- 1
link_target_nodeind <- d1 %>%
pull(m7) %>%
factor(levels = node_label) %>%
as.numeric() %>%
- 1
## link valueは数え上げた値をそのままつっこむ
link_value <- d1$n
## 作図する
p <- plot_ly(type = "sankey",
domain = c(x = c(0,1), y = c(0,1)),
orientation = "h", # 縦方向 (h) or 横方向 (v)
node = list(label = node_label),
link = list(source = link_source_nodeind,
target = link_target_nodeind,
value = link_value))
p # 出力後、nodeの並びをお好みで変更。
ちょっと複雑な例
x 3ヶ月のデータを対象に、link labelを用いて1-2ヶ月目とその下層の2-3ヶ月目を関連づける。
nodeとlinkにも色もつける (これが結構めんどい)。
関数化とか気にせず、一発こっきりなコードで記述。
なお、node数が多い場合にこのようなlinkのlabelによる関連付けを行うと、
あっという間に2node間の最大3本制限に引っかかるので注意。
## お好みで色ベクトルを作っておく
base_palette <- RColorBrewer::brewer.pal(8, "Set2")
## 色指定で楽をするために、回りくどいことをしている。
## 平たく言えば、factorのレベルを揃えている
d2.0 <- d %>%
select(m5, m7, m9) %>%
map_dfr(as.factor) %>% # とりあえずfactor化
fct_unify() %>% # 全列のlevelsを統合
bind_cols() %>% # 上の処理でvector in list化されるので、tibbleに戻す
imap_dfr(~ factor(.x, # 各列間で要素名が重複しないよう、labelsを加工。
levels = levels(.x),
labels = paste(.y, levels(.x), sep = "."))) %>%
count(m5, m7, m9) %>%
mutate(link_label = paste(m5, m7, sep = "_"), # m5とm7のセットで関連付けたいので、pasteしてlabel作成
link_col = base_palette[as.numeric(m5)]) # linkの色はm5に揃える
## m5-m7間用データ
## m9気にせずまとめる
d2.1 <- d2.0 %>%
group_by(m5, m7, link_label, link_col) %>%
summarize(n = sum(n)) %>%
ungroup() %>%
rename(source = m5,
target = m7)
## m7-m9間用データ
d2.2 <- d2.0 %>%
rename(source = m7,
target = m9) %>%
select(-m5)
d2 <- bind_rows(d2.1, d2.2) # fct型がchr変換されるが気にしなくてOK
node_label <- d2.0 %>%
select(m5, m7, m9) %>%
map(levels) %>%
unlist()
node_color <- 1:(length(node_label)/3) %>% # 各列のレベルは揃えてあるので、簡単
rep(3) %>%
base_palette[.] %>%
alpha(0.7)
link_source_nodeind <- d2 %>%
pull(source) %>%
factor(levels = node_label) %>%
as.numeric() %>%
- 1
link_target_nodeind <- d2 %>%
pull(target) %>%
factor(levels = node_label) %>%
as.numeric() %>%
- 1
link_value <- d2$n
link_color <- d2$link_col %>%
alpha(0.2)
link_label <- d2$link_label
p <- plot_ly(type = "sankey",
domain = c(x = c(0,1), y = c(0,1)),
orientation = "h",
node = list(label = node_label,
color = node_color),
link = list(source = link_source_nodeind,
target = link_target_nodeind,
value = link_value,
color = link_color,
label = link_label))
p # あとはnodeの並びをマウスでいじいじしてFINISH。
