エラー内容
$ git status
On branch fix/hogehoge
Your branch is ahead of 'origin/hotfix/hogehoge' by 5 commits.
(use "git push" to publish your local commits)
nothing to commit, working tree clean
なぜか現在のブランチfix/hogehogeが、hotfix/hogehoge（削除済みのブランチ）を追跡していた。
なのでhotfix/hogehogeから5つ分コミットが進んでしまってますよ〜大丈夫ですか？という指摘をされた。
この状態でのpull、push等は何も問題はないのだが、なんだか気持ち悪いので対処したい。
対処法
現在の状況を確認
$ git branch -a
* fix/hogehoge
master
remotes/origin/HEAD -> origin/master
remotes/origin/hotfix/hogehoge //ローカル、リモートともに削除済みのブランチを追跡中
remotes/origin/fix/hogehoge
remotes/origin/master
allオプションを付けて作業ブランチ、追跡ブランチを確認。
追跡ブランチにローカル、リモートともに削除済みのブランチ（hotfix/hogehoge）が残っており、現在のブランチ（fix/hogehoge）はそれと紐付いていた。
（今回はpush→pullもしていたため、remotes/origin/fix/hogehogeも同時に存在している）
追跡ブランチを削除
$ git fetch --prune
From github.com:<リポジトリ名>
- [deleted] (none) -> origin/hotfix/hogehoge
ブランチの削除はリモートとローカルの間で反映されないため、pruneオプションを付けてgit fetch --pruneを行う。
これでリモートブランチの削除をローカルに反映する事ができる。
参考：https://qiita.com/yuichielectric/items/84cd61915a1236f19221
$ git branch -a
* fix/hogehoge
master
remotes/origin/HEAD -> origin/master
remotes/origin/fix/hogehoge
remotes/origin/master
//remotes/origin/hotfix/hogehogeがなくなっている
これでリモートで削除済みのhotfix/hogehoge（リモートブランチ）に対するorigin/hotfix/hogehoge（追跡ブランチ）が削除された。
追跡を解除
これで解決するかと思ったら、追跡ブランチがなくなっても紐付きは解除されないらしい。
$ git status
On branch fix/hogehoge
Your branch is based on 'origin/hotfix/hogehoge', but the upstream is gone.
(use "git branch --unset-upstream" to fixup)
nothing to commit, working tree clean
エラー文に従い、git branch --unset-upstreamを行う。
$ git branch --unset-upstream
$ git status
On branch fix/set-tokyo-timezone
nothing to commit, working tree clean
これで解除されので、次にgit pushした時にremotes/origin/fix/hogehogeが追跡ブランチになるはず。（恐らく...）
ひとまず解決！
参考