RunInBAT.CMD

@if(0)==(0) REM /* Shift-JIS(シフトJIS)で書かないとエラーになる・・・当然か
ECHO OFF
PUSHD %~dp0
CScript.exe //NoLogo //E:JScript "%~f0" %*
POPD
GOTO :EOF
REM */
@end

WScript.Echo('コマンドラインで実行中');
wshShell = new ActiveXObject('WScript.Shell');
wshShell.Popup('完了！',5);

RunWithCscript.js

@if(0)==(0) REM /* Shift-JIS(シフトJIS)で書かないとエラーになる・・・当然か
ECHO OFF
PUSHD %~dp0
CScript.exe //NoLogo //E:JScript "%~f0" %*
POPD
GOTO :EOF
REM */
@end
/*
* JavaScriptのいろいろなコーディングルールをまとめてみた
** http://efcl.info/2011/0527/res2764/
* 他人にやさしいソースコードの書き方 コーディング規約 JavaScript編
** http://www.hp-stylelink.com/news/2013/10/20131008.php
*/

//  コマンドラインで実行！
RunInCscript();

WScript.Echo('コマンドラインで実行中');
wshShell = new ActiveXObject('WScript.Shell');
wshShell.Popup('完了！',5);

/**
 * WSCRIPT で実行中だったら、CSCRIPT で再実行する。
 */
function RunInCscript() {
    var path = WScript.FullName.toUpperCase();
    if (path.search('CSCRIPT\.EXE$') >= 0) {
        return;
    }
    var cmd = 'CSCRIPT.EXE //NoLogo //E:JScript ' + WScript.ScriptFullName;
    var args = WScript.Arguments
    var n = args.length;
    var i;
    for (i=0;i<n;i++) {
        var arg = args(i);
        if (arg.search('\ ') >= 0) {
            arg = '"' + arg + '"';
        }
        cmd += ' ' + arg;
    }
    wshShell = new ActiveXObject('WScript.Shell');
    var r = wshShell.Run(cmd,5,true);
//  wshShell.Popup('done!',5);
    WScript.Quit(r);
}

function echo(msg) {
    WScript.Echo(msg);
}

参考サイト

http://180.cocolog-nifty.com/blog/2011/12/jscript-aca0.html
http://blogs.msdn.com/b/joshpoley/archive/2008/01/15/running-jscript-in-a-cmd-file.aspx