RunInBAT.CMD

@if(0)==(0) REM /* Shift-JIS(シフトJIS)で書かないとエラーになる・・・当然か
ECHO OFF
PUSHD %~dp0
CScript.exe //NoLogo //E:JScript "%~f0" %*
POPD
GOTO :EOF
REM */
@end

WScript.Echo('コマンドラインで実行中');
wshShell = new ActiveXObject('WScript.Shell');
wshShell.Popup('完了！',5);

RunWithCscript.js

@if(0)==(0) REM /* Shift-JIS(シフトJIS)で書かないとエラーになる・・・当然か
ECHO OFF
PUSHD %~dp0
CScript.exe //NoLogo //E:JScript "%~f0" %*
POPD
GOTO :EOF
REM */
@end
/*
* JavaScriptのいろいろなコーディングルールをまとめてみた
** http://efcl.info/2011/0527/res2764/
* 他人にやさしいソースコードの書き方 コーディング規約 JavaScript編
** http://www.hp-stylelink.com/news/2013/10/20131008.php
*/

//	コマンドラインで実行！
RunInCscript();

WScript.Echo('コマンドラインで実行中');
wshShell = new ActiveXObject('WScript.Shell');
wshShell.Popup('完了！',5);

/**
 * WSCRIPT で実行中だったら、CSCRIPT で再実行する。
 */
function RunInCscript() {
	var path = WScript.FullName.toUpperCase();
	if (path.search('CSCRIPT\.EXE$') >= 0) {
		return;
	}
	var cmd = 'CSCRIPT.EXE //NoLogo //E:JScript ' + WScript.ScriptFullName;
	var args = WScript.Arguments
	var n = args.length;
	var i;
	for (i=0;i<n;i++) {
		var arg = args(i);
		if (arg.search('\ ') >= 0) {
			arg = '"' + arg + '"';
		}
		cmd += ' ' + arg;
	}
	wshShell = new ActiveXObject('WScript.Shell');
	var r = wshShell.Run(cmd,5,true);
//	wshShell.Popup('done!',5);
	WScript.Quit(r);
}

function echo(msg) {
	WScript.Echo(msg);
}

参考サイト

http://180.cocolog-nifty.com/blog/2011/12/jscript-aca0.html
http://blogs.msdn.com/b/joshpoley/archive/2008/01/15/running-jscript-in-a-cmd-file.aspx