libs/ ディレクトリを作り、
pip install -t libs ライブラリ名
のようにして、libs以下にライブラリをインストールします。
pip install -t, --target <dir>
Install packages into <dir>. By default this will not replace existing files/folders in <dir>. Use –upgrade to replace existing packages in <dir=> with new versions.
mainのページ以下を追加して、libsへのパスをアプリケーションに追加すると、GAEでライブラリが使えます。
import sys
sys.path.insert(0, 'libs')
FlaskをGAEで使うサンプル:cocodrips/GAE-flask-application