resetやブランチを移動するなどして、2回、git submodule addすると、If you want to reuse this local git directory instead of cloning again from (snip) use the '--force' optionなるエラーとなり、submoduleの追加に失敗する。
指定通りに--forceすればよい。以下のbashで検証できる。

https://github.com/cielavenir/submodule-child-readme

function make_submodule() {
git submodule add -f https://github.com/cielavenir/submodule-child-readme.git
}

git clone https://github.com/cielavenir/submodule-test
cd submodule-test
git config user.name cielavenir
git config user.email cielartisan@gmail.com

make_submodule
git submodule

git reset --hard
rm -rf .gitmodules *
git checkout .

make_submodule
git submodule

しかし、submodule上にmirrorを作りたかった場合など、empty submoduleの場合は事情が違ってくる。.gitmodulesを力技で書く必要がある他、--forceに加え当該submoduleをaddする必要があるらしい。
以下のbashで検証できる。

https://github.com/cielavenir/submodule-child

function make_submodule() {
tab=$'\t'
if [ ! -d submodule-child ]; then
    git submodule add -b master -f https://github.com/cielavenir/submodule-child.git
    if [ ! -f submodule-child/.git ]; then
        echo '[-] need to write .git manually'
        echo "gitdir: ../.git/modules/submodule-child" > submodule-child/.git
    fi
    git add submodule-child
    cat << EOM >> .gitmodules
[submodule "submodule-child"]
${tab}path = submodule-child
${tab}url = git@github.com:cielavenir/submodule-child.git
EOM
fi
git add .gitmodules
}

git clone https://github.com/cielavenir/submodule-test
cd submodule-test
git config user.name cielavenir
git config user.email cielartisan@gmail.com

make_submodule
touch submodule-child/readme
git -C submodule-child add readme
git -C submodule-child commit -m 'initial'
git add submodule-child

git submodule

git reset --hard
rm -rf .gitmodules *
git checkout .

make_submodule
git submodule