Rでrepeated permutation

基本的にはexpand.gridを使えば良い。

expand.grid(rep(list(c('A','C','G','T')),2))

   Var1 Var2
1     A    A
2     C    A
3     G    A
4     T    A
5     A    C
6     C    C
7     G    C
8     T    C
9     A    G
10    C    G
11    G    G
12    T    G
13    A    T
14    C    T
15    G    T
16    T    T

「The first factors vary fastest」の挙動に不都合があるなら、こうすれば良い。

as.data.frame(t(apply(expand.grid(rep(list(c('A','C','G','T')),2)),1,rev)))

   Var2 Var1
1     A    A
2     A    C
3     A    G
4     A    T
5     C    A
6     C    C
7     C    G
8     C    T
9     G    A
10    G    C
11    G    G
12    G    T
13    T    A
14    T    C
15    T    G
16    T    T

do.call(paste,c(as.data.frame(t(apply(expand.grid(rep(list(c('A','C','G','T')),2)),1,rev))),sep=''))

 [1] "AA" "AC" "AG" "AT" "CA" "CC" "CG" "CT" "GA" "GC" "GG" "GT" "TA" "TC" "TG"
[16] "TT"

…よりよい方法をご存じの方がいらっしゃいましたらコメントいただけるとありがたいです。