最近の GNOME では、xmodmapによるキーボードのリマップが使えなくなっているので、設定方法を覚書しておきます。
確認したディストリビューションは Fedora ですが、Ubuntu でもほぼ同じだと思われます。

参考にしたページ→XKBでCapsLockをEscに割り当てる(Ubuntuでキーマッピング変更)

$ cat <<EOF > rctrl
partial hidden modifier_keys
xkb_symbols "henkan_rctrl" {
    replace key <HENK> { [ Control_R ] };
};
EOF

$ sudo cp rctrl /usr/share/X11/xkb/symbols/

/usr/share/X11/xkb/rules/evdev

...

! option	=	symbols
  grp:shift_toggle	=	+group(shifts_toggle)
  altwin:menu		=	+altwin(menu)
  ...
  parens:swap_brackets   =   +parens(swap_brackets)
  rctrl:henkan_rctrl =  +rctrl(henkan_rctrl) # ← この行を追加

...

$ gsettings set org.gnome.desktop.input-sources xkb-options "['rctrl:henkan_rctrl']"

で、念の為再起動すると[変換]キーが、右Ctrlになってるはずです。
evdevの書き換えをawkなんかで出来れば、全部をシェルスクリプトに出来るでしょう。
もし、出来たらコメントなんかで教えてください。

それでは、親指Ctrlを楽しんでください！