アミノ酸配列の組成(20xN次元)をプロットしてみたときのメモ。
積み上げ式のプロットを作ること自体は結構簡単。barでbottom=hogeのように指定すればよい。
しかし、出てくるものの数が多いときに、凡例の場所を調整するので結構大変だった。プロットの幅をget_positionとset_positionで調整→legendを使う際に、bbox_to_anchorで位置を調整、という流れ。

参考：
http://geetduggal.wordpress.com/2011/08/22/grabbing-individual-colors-from-color-maps-in-matplotlib/
http://stackoverflow.com/questions/4700614/how-to-put-the-legend-out-of-the-plot
http://matplotlib.org/users/legend_guide.html#plotting-guide-legend

plot_test.py

amino_count = ... # something; ここでは20x23次元のnp.array
accent = get_cmap('accent')  # colormapを得る
figsize(10, 8)     # 図のサイズと
rcParams['font.size'] = 14     #文字を少し大きめに
total = zeros(23)  # 積み上げるための和を保存
ax = subplot(111)
for i in xrange(20):    #20種類のアミノ酸それぞれに対して
    c = accent(i / 20.0)    # colormapは0〜1の値を入れると、対応するRGBA値を返す
    if i == 0:
        ax.bar(arange(23), amino_count[i], color=c, label=aa[i])
    else:
        ax.bar(arange(23), amino_count[i], color=c, bottom=total, label=aa[i])
        # bottomを指定することで、バーの下限を設定できる。
    total += tmd_count[i]

box = ax.get_position()
ax.set_position([box.x0, box.y0, box.width * 0.80, box.height])
# プロットの幅を80％に設定する。
h,l = ax.get_legend_handles_labels()
ax.legend(h[::-1], l[::-1], bbox_to_anchor=(1.25, 1.05))
# get_legend_handles_labels()で、凡例のハンドルとラベルを得る。
# これを用いて、凡例を逆順で示している。
# また、bbox_to_anchorを用いることで凡例の位置を調整している。
xlabel('Position from the N-terminal side of TMD', fontsize=16)
ylabel('Count', fontsize=16)