EC-CUBE3では、データベースの操作は通常、Doctrin/ORMというO/Rマッパーを使っています。
O/Rマッパーは便利ですが、複雑な集計を行うときなど、SQLを直接書きたい場面もあると思います。

そんな時はDoctrine/DBALを使うとSQLでデータを取ってくることができます。

こんな感じ。PDOと同じような使い方です。

$stmt = $app['db']->query('select * from dtb_product');
while ($row = $stmt->fetch()) {
    dump($row);
}

クエリビルダを使ってSQLを構築することもできます。

$qb = $app['db']->createQueryBuilder();
$stmt = $qb
    ->select('*')
    ->from('dtb_product')
    ->where('name = :name')
    ->setParameter('name', 'パーコレーター')
    ->execute();

while ($row = $stmt->fetch()) {
    dump($row);
}

参考
http://www.doctrine-project.org/projects/dbal.html