homebrewを/opt以下など/usr/local以外に入れている場合に、下記のようなエラーが出る。

$ mecab
param.cpp(69) [ifs] no such file or directory: /usr/local/etc/mecabrc

これはmecabrcの場所をデフォルトでは読み込んでくれないためで、いろいろ調べた結果bottleでバイナリ落としてきた時に、mecabrcの場所が/usr/local/etc/mecabrcでコンパイルされたものが入っているのが原因だった。
mecab-config --sysconfdirしても/opt/homebrewとかが返ってきたのでハマってしまった。

そういう時は素直にsourceから入れれば良い。

$ brew install --build-from-source mecab

めでたしめでたし