4.2 Creating a SeqRecord
Using a SeqRecord object is not very complicated, since all of the information is presented as attributes of the class.
SeqRecord objectの使い方はそんなに複雑ではない、すべての情報はクラスの属性として明示されたからです。
Usually you won’t create a SeqRecord “by hand”, but instead use Bio.SeqIO to read in a sequence file for you (see Chapter 5 and the examples below). However, creating SeqRecord can be quite simple.
通常SeqRecordオブジェクトを自分で生成しない、代わりにBio.SeqIOを使ってシーケンスファイルから読み込みます。（chap5と下のサンプルを参考してください）
しかしながら、SeqRecordの生成はとても簡単です。
4.2.1 SeqRecord objects from scratch
To create a SeqRecord at a minimum you just need a Seq object:
Seqクラスを使うだけで最小限のSeqRecordオブジェクトを作れます。
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> simple_seq = Seq("GATC")
>>> from Bio.SeqRecord import SeqRecord
>>> simple_seq_r = SeqRecord(simple_seq)
Additionally, you can also pass the id, name and description to the initialization function, but if not they will be set as strings indicating they are unknown, and can be modified subsequently:
さらに、初期化の時にid、名前と解説を代入することができる。もしそうしなければ、それらの値はunknownで初期化されるが、後で修正しても大丈夫です。
>>> simple_seq_r.id
'<unknown id>'
>>> simple_seq_r.id = "AC12345"
>>> simple_seq_r.description = "Made up sequence I wish I could write a paper about"
>>> print(simple_seq_r.description)
Made up sequence I wish I could write a paper about
>>> simple_seq_r.seq
Seq('GATC')
Including an identifier is very important if you want to output your SeqRecord to a file.
You would normally include this when creating the object:
もしSeqRecordをファイルとして出力したいなら、識別子を付けることがとても大事になります。通常はオブジェクトを生成する時に付け加えます。
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> simple_seq = Seq("GATC")
>>> from Bio.SeqRecord import SeqRecord
>>> simple_seq_r = SeqRecord(simple_seq, id="AC12345")
As mentioned above, the SeqRecord has an dictionary attribute annotations.
This is used for any miscellaneous annotations that doesn’t fit under one of the other more specific attributes.
上で述べたようにSeqRecordはアノテーションという辞書型の属性を持っています。
これは他の明確な属性にはまらない雑多なアノテーションに対して使います。
Adding annotations is easy, and just involves dealing directly with the annotation dictionary:
アノテーションの追加は簡単で、直接辞書の中に追加すればいいです。
>>> simple_seq_r.annotations["evidence"] = "None. I just made it up."
>>> print(simple_seq_r.annotations)
{'evidence': 'None. I just made it up.'}
>>> print(simple_seq_r.annotations["evidence"])
None. I just made it up.
Working with per-letter-annotations is similar, letter_annotations is a dictionary like attribute which will let you assign any Python sequence (i.e. a string, list or tuple) which has the same length as the sequence:
per-letter-annotationsの使い方も似ていて、letter_annotationsは辞書型でシーケンスデータを割り当てることができます。(i.e. 文字列, リスト あるいはタプル)
>>> simple_seq_r.letter_annotations["phred_quality"] = [40, 40, 38, 30]
>>> print(simple_seq_r.letter_annotations)
{'phred_quality': [40, 40, 38, 30]}
>>> print(simple_seq_r.letter_annotations["phred_quality"])
[40, 40, 38, 30]
The dbxrefs and features attributes are just Python lists, and should be used to store strings and SeqFeature objects (discussed later in this chapter) respectively.
データベースへのクロスリファレンス（.dbxrefs）とフィーチャー情報はリスト型、それぞれ文字列およびSeqFeatureオブジェクトを格納するためいに使います。 (この章の後で述べます)
4.2.2 SeqRecord objects from FASTA files
This example uses a fairly large FASTA file containing the whole sequence for Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pPCP1, originally downloaded from the NCBI.
このサンプルではYersinia pestis菌の全シーケンスが含まれるかなりでかいFASTAファイルを使います。NCBIからダウンロードしました。
This file is included with the Biopython unit tests under the GenBank folder, or online NC_005816.fna from our website.
Biopythonユニットテストを含むファイルはGenBankフォルダにあります、あるいは私たちのサイトからもファイルを取得できます。
The file starts like this - and you can check there is only one record present (i.e. only one line starting with a greater than symbol):
このファイルは下記のような形で始まります - 今は一行しか載せてないですが（i.e.大なり記号から始まる一行）
>gi|45478711|ref|NC_005816.1| Yersinia pestis biovar Microtus ... pPCP1, complete sequence
TGTAACGAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCC
...
Back in Chapter 2 you will have seen the function Bio.SeqIO.parse(...) used to loop over all the records in a file as SeqRecord objects.
Chapter 2で見たように関数Bio.SeqIO.parse(...)はSeqRecordオブジェクトファイルの全レコードをループします。
The Bio.SeqIO module has a sister function for use on files which contain just one record which we’ll use here (see Chapter 5 for details):
ここで使うのは1レコードしか持たないファイルを読み込むためのBio.SeqIOモジュールにある類似の姉妹関数です。（詳細は第5章で述べます。）
※意味不明です。
Now, let’s have a look at the key attributes of this SeqRecord individually – starting with the seq attribute which gives you a Seq object:
では、SeqRecordのメイン属性を見てみましょう - seq属性にアクセスしたらSeqオブジェクトを返してくれます。
>>> record.seq
Seq('TGTAACGAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGG...CTG', SingleLetterAlphabet())
Here Bio.SeqIO has defaulted to a generic alphabet, rather than guessing that this is DNA.
Bio.SeqIOが遺伝子アルファベットを返してくれた、推測するまでもなくそれはDNAです。
If you know in advance what kind of sequence your FASTA file contains, you can tell Bio.SeqIO which alphabet to use (see Chapter 5).
もしあなたが予めFASTAファイルにどんなシーケンスデータが含まれると分かったら、Bio.SeqIOモジュールにどのアルファベットを使うのかを指定できます(5章を参照)。
Next, the identifiers and description:
次は「識別子」と「説明」：
>>> record.id
'gi|45478711|ref|NC_005816.1|'
>>> record.name
'gi|45478711|ref|NC_005816.1|'
>>> record.description
'gi|45478711|ref|NC_005816.1| Yersinia pestis biovar Microtus ... pPCP1, complete sequence'
As you can see above, the first word of the FASTA record’s title line (after removing the greater than symbol) is used for both the id and name attributes.
上で見たように、FASTAファイル内のレコード行のタイトルの初文字（大なり記号>を取り除いた後）はidとname属性に両方に使われています。
The whole title line (after removing the greater than symbol) is used for the record description. This is deliberate, partly for backwards compatibility reasons, but it also makes sense if you have a FASTA file like this:
タイトル全行（大なり記号>を取り除いた後）はレコードの説明に使われます。これはバックエンドとの互換性を取るための理由などがあります。しかも以下のようなFASTAファイルの場合はなおさらです。
>Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pPCP1
TGTAACGAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCC
...
Note that none of the other annotation attributes get populated when reading a FASTA file:
注意するのはFASTAファイルを投入する初期では、他の属性は空となります。
In this case our example FASTA file was from the NCBI, and they have a fairly well defined set of conventions for formatting their FASTA lines.
このコースでは私たちのサンプルFASTAファイルはNCBIから取得していて、FASTAレコードのフォーマットはかなり整備されています。
This means it would be possible to parse this information and extract the GI number and accession for example.
However, FASTA files from other sources vary, so this isn’t possible in general.
つまり情報の分析およびGIナンバー、付加情報の抽出は可能になります。
しかし他のソース源では難しいことになるでしょう。
4.2.3 SeqRecord objects from GenBank files
As in the previous example, we’re going to look at the whole sequence for Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pPCP1, originally downloaded from the NCBI, but this time as a GenBank file.
前の例で、NCBIからダウンロードしたYersinia pestis菌の全シーケンスを見ました。今回はGenBankバージョンを見ましょう。
Again, this file is included with the Biopython unit tests under the GenBank folder, or online NC_005816.gbfrom our website.
同じく、GenBankフォルダからBiopythonユニットテスト付きのファイルかを使うか、サイトから直接ダウンロードします。
This file contains a single record (i.e. only one LOCUS line) and starts:
このファイルはシングルレコード(i.e. LOCUS 行はただ１行だけ)およぶstartsを含みます
※starts意味不明
LOCUS NC_005816 9609 bp DNA circular BCT 21-JUL-2008
DEFINITION Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pPCP1, complete
sequence.
ACCESSION NC_005816
VERSION NC_005816.1 GI:45478711
PROJECT GenomeProject:10638
...
Again, we’ll use Bio.SeqIO to read this file in, and the code is almost identical to that for used above for the FASTA file (see Chapter 5 for details):
同じく、Bio.SeqIOを使ってファイルを読み込み、FASTAファイルの時とほぼ同じやり方です。(詳細は第5章を参照):
>>> from Bio import SeqIO
>>> record = SeqIO.read("NC_005816.gb", "genbank")
>>> record
SeqRecord(seq=Seq('TGTAACGAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGG...CTG',
IUPACAmbiguousDNA()), id='NC_005816.1', name='NC_005816',
description='Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pPCP1, complete sequence.',
dbxrefs=['Project:10638'])
You should be able to spot some differences already! But taking the attributes individually, the sequence string is the same as before, but this time Bio.SeqIO has been able to automatically assign a more specific alphabet (see Chapter 5 for details):
すでにいくつかの違いを発見したはずですが、1個1個見ていきましょう、シーケンスに文字列は前と同じだが、今回Bio.SeqIOはもっと正確にアルファベットの種類を判定できました。（詳細は第5章を参照）
The name comes from the LOCUS line, while the id includes the version suffix. The description comes from the DEFINITION line:
名前はLOCUS行、idがバージョン情報を含んでいます。説明はDEFINITION行から取りました。
GenBank files don’t have any per-letter annotations:
GenBankファイルにper-letterアノテーションは存在しないです。
>>> record.letter_annotations
{}
Most of the annotations information gets recorded in the annotations dictionary, for example:
多くのアノテーション情報はアノテーション辞書に収録されています。たとえば：
>>> len(record.annotations)
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>>> record.annotations["source"]
'Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001'
The dbxrefs list gets populated from any PROJECT or DBLINK lines:
リストdbxrefsはPROJECTあるいはDBLINK行の内容を反映します。
>>> record.dbxrefs
['Project:10638']
Finally, and perhaps most interestingly, all the entries in the features table (e.g. the genes or CDS features) get recorded as SeqFeature objects in the features list.
最後に、一番興味深いのは、フィーチャーテーブルのすべてのエントリ(e.g. genesあるいはCDSフィーチャー)がSeqFeatureオブジェクトとしてフィーチャーリストに保存されます。