ソースツリーなどのクライアントを使わずにターミナルなどでクローンをしている人向けです。
今まで使用していたアカウントとは別のアカウントに切り替えたいのにクローンすると not found と表示されてしまう人などは試してみてください。

キーチェーンアクセスのアプリを開く
キーチェーンアクセスアプリの右上の検索からアカウントを切り替えたいサイトのurlを入力して検索する
該当のサイトの項目が表示されるのでダブルクリックして開く
小さなウィンドウが表示されるので
5. 「アカウント」に切り替えたいアカウントのユーザ名に変更
6. 「パスワードを表示」にチェックを入れてパスワードを入力する。その後、表示された内容を切り替えたいアカウントのパスワードに変更
これで再度クローンを行うと通常通りローカルリポジトリがクローンされているはずです

私はgitlabを使用しているのですが、githubでも同様かと思います。（違ったらごめん！）

※ 注意点
※ 2番で検索するurlはgitlabの場合「gitlab.com」と記載されていました。
※ 3番で該当のサイトが複数ある場合は項目の右側にある「キーチェーン」で「ログイン」と記載があると思いますので確認してみてください。
※ 4-1番のユーザ名は「＠XXXX」の＠を外したものがユーザ名です。(gitlabの場合)
※ 4-2番で「パスワードを表示」にチェックを入れた時に求められる「許可するにはキーチェーン"ログイン"のパスワードを入力してください」には、Macにログイン時のパスワードを入れる。
※ 5番で再度クローンを行なってからはパスワードの確認画面がなんども表示されます。入力画面で「常に許可」をクリックすると回避できます。

とりあえず情報を共有するためだけに急いで書きました。
そのうちわかりやすくしたいと思います。