2.の続き
2.の例はあまりにも簡単過ぎて、 Kolon の活躍が殆ど無い。それではおさらいにならないので。
やること
blastn を利用して、1vs1 の相同性検索を行なって、それを表示するアプリを作成してみる。
html としては、
- sequence を投げるページ
- 二種類のシーケンスを投げるから、二つのテキストエリアが必要
- 結果を表示するページ
の二つが必要。
で perl の方では、外部コマンドを実行して結果を取り込む事が必要。
前回の、最後の app.psgi を編集して行く。
blastn が入っていない場合。
ここから最新版をダウンロード
OSX の場合は、ncbi-blast-2.2.31+-universal-macosx.tar.gz を展開
$ wget -q ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.2.31+-universal-macosx.tar.gz
$ tar zxf ncbi-blast-2.2.31+-universal-macosx.tar.gz
$ mv ncbi-blast-2.2.31+ ~/cmd/bin
-
bl2seqと言いながら、legacy の方にはリンクすら貼らない。
perl コード部分
先に perl コード部分を。
get / 直前までは前のコードと全く同じ。それで、 get / は、index.tx を描画させるだけ。
get '/' => sub { return shift->render('index.tx'); };
その次に、 index.tx からポストされた内容を受け取るコントローラーを書く。とりあえず /bl2seq とする。
post '/bl2seq' => sub {
my $c = shift;
my ( $out_fh1, $seq1 ) = tempfile ;
my ( $out_fh2, $seq2 ) = tempfile ;
print { $out_fh1 } $c->req->param('seq1') ;
print { $out_fh2 } $c->req->param('seq2') ;
my $result = qx{/Users/bunzaemon/cmd/bin/ncbi-blast-2.2.31+/bin/blastn -query $seq1 -subject $seq2 } ;
return $c->render('result.tx', { result => $result });
};
-
$c->req->param('')で投げられたリクエストを受け取る事が出来るので、二つのシーケンスをそれぞれ、seq1,seq2とし、ファイルに保存。 - もちろん、
use File::Temp qw( tempfile ) ;1 でテンポラリーファイルにして、後腐れ無くする。 -
blastnの実行は、各人の環境に合せる。 -
IPC::Open3を使いたい所だけど、qx{}で。 - で結果を
result.txへ。
これだけの非常に簡単なもの。
html の編集
sequence を投げるページ
@@ index.tx
<!doctype html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>BL2SEQ</title>
</head>
<body>
<h1>input</h1>
<form method="get" action="/">
<textarea name="seq1" rows="4">input sequence1</textarea><br>
<textarea name="seq2" rows="4">input sequence2'</textarea><br>
<input type="submit" value="submit" /></br>
<p>それぞれのテキストエリアにシーケンスを入力してください。</p>
</body>
</html>
- まあ、title と見出しくらいは付けとこうか。
- シーケンスをポストする枠を二つ作ろうか。
- コメントも必要だよね。
- じゃ charset の宣言もしとこうか。 => perl コード部分で
use utf8;必要。
結果を表示するページ
@@ result.tx
<!doctype html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>BL2SEQ</title>
</head>
<body>
<h1>result</h1>
<pre><: $result :></pre>
<p>結果が出ました。</p>
<form method="get" action="/">
<input type="submit" value="了解" /></br>
</form>
</body>
</html>
- んじゃ、変数 result に結果をそのまま入れて、
<pre>でさっくり表示させますか。 - ついでに
/に戻る事も考えときましょう。
app.psgi
今回の app.psgi の全コード。
単純だが、 html 部分が冗長な感じがする。
use strict;
use warnings;
use Amon2::Lite;
use utf8 ;
use File::Temp qw( tempfile ) ;
sub load_config {
+{
'Text::Xslate' => +{
syntax => 'Kolon',
suffix => '.tx',
module => undef,
cache => 0,
},
}
}
get '/' => sub { return shift->render('index.tx'); };
post '/bl2seq' => sub {
my $c = shift;
my ( $out_fh1, $seq1 ) = tempfile ;
my ( $out_fh2, $seq2 ) = tempfile ;
print { $out_fh1 } $c->req->param('seq1') ;
print { $out_fh2 } $c->req->param('seq2') ;
my $result = qx{${HOME}/cmd/bin/ncbi-blast-2.2.31+/bin/blastn -query $seq1 -subject $seq2 } ;
return $c->render('result.tx', { result => $result });
} ;
__PACKAGE__->to_app(handle_static => 1);
__DATA__
@@ index.tx
<!doctype html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>BL2SEQ</title>
</head>
<body>
<h1>input</h1>
<form method="post" action="/bl2seq">
<textarea name="seq1" rows="15">input sequence1</textarea><br>
<textarea name="seq2" rows="15">input sequence2</textarea><br>
<input type="submit" value="submit" /></br>
<p>それぞれのテキストエリアにシーケンスを入力してください。</p>
</body>
</html>
@@ result.tx
<!doctype html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>BL2SEQ</title>
</head>
<body>
<h1>result</h1>
<pre><: $result :></pre>
<p>結果が出ました。</p>
<form method="get" action="/">
<input type="submit" value="了解" /></br>
</form>
</body>
</html>
ブラウザをリロード2する。
動かしてみる。
適当な配列を二つ持って来て、フォームにセット。
例えば、これとこれ34
で、submit と。
まあ、軽めのシーケンスの比較なら、コレで十分。後は、オプション類の ON/OFF を制御するラジオボタンあたりを実装して、、、
きりがないので、そこらへんは、言及せず。
後は、Kolon の機能のメモと、launchctl のメモ。