cpan で、plenv 環境下（ = $HOME ）にインストール。
% export PERL5OPT=
% plenv install 5.22.0 -Dusethreads
% plenv rehash
% plenv shell 5.22.0
% plenv install-cpanm
この状態にて。
依存ファイル
Bundle::BioPerl はアテにせず、自力で依存ファイルのインストール。
% cat cpanfile
requires "YAML";
requires "Clone";
requires "Module::Build";
requires "CGI";
requires "DBI";
requires "inc::latest";
requires "Algorithm::Munkres";
requires "Array::Compare";
requires "Pod::Coverage";
requires "DBD::Pg";
requires "DBD::SQLite";
requires "DBD::mysql";
requires "Data::Stag";
requires "Error";
requires "Graph";
requires "GraphViz";
requires "HTML::Entities";
requires "HTML::HeadParser";
requires "HTML::TableExtract";
requires "HTTP::Request::Common";
requires "IO::String";
requires "LWP::UserAgent";
requires "List::MoreUtils";
requires "PostScript::TextBlock";
requires "SOAP::Lite";
requires "SVG";
requires "SVG::Graph";
requires "Set::Scalar";
requires "Sort::Naturally";
requires "Spreadsheet::ParseExcel";
requires "Test::Most";
requires "URI::Escape";
requires "XML::Parser";
requires "XML::Parser::PerlSAX";
requires "XML::SAX";
requires "XML::SAX::Writer";
requires "XML::Simple";
requires "XML::Twig";
requires "XML::Writer";
requires "XML::DOM";
requires "XML::LibXML";
requires "Math::Random";
# requires "Convert::Binary::C";
# requires "GD";
-
Module::Build,CGIは core じゃなくなったけど、当たり前のように要求されるので。 - 最終二行は、当環境下ではテストに失敗してインストール出来ない。ので、後ほど、
--forceする。 - 未記載の
Bio::*は本体インストール後にインストール。
% cpanm --installdeps .
テストでエラーするもの
個別に叩く。
% cpanm --force Convert::Binary::C
% cpanm --force GD
本体のインストール
% cpanm BioPerl
Bio::*
その他のモジュール。
Bio::ASN1::EntrezGeneBio::PhyloBio::DB::Sam
簡単な物
% cpanm Bio::ASN1::EntrezGene
% cpanm Bio::Phylo
Bio::DB::Sam
普通に cpanm しようとすると、libbam.a とヘッダファイルのパスをしっかり指定しても理不尽にコケる1。
% wget -q http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/L/LD/LDS/Bio-SamTools-1.41.tar.gz
% tar zxf Bio-SamTools-1.41.tar.gz
% cd Bio-SamTools-1.41
% cp INSTALL.pl{,.bak}
% diff INSTALL.pl*
98c98
< system "env SAMTOOLS=$install_dir/samtools perl Build.PL --install_path lib=${PLENV_ROOT}/versions/5.22.0/lib";
---
> system "env SAMTOOLS=$install_dir/samtools perl Build.PL";
106c106
< system "./Build install";
---
> system "sudo ./Build install";
% perl Install.pl
した2。
他の BioPerl モジュールは、
${PLENV_ROOT}/versions/5.22.0/lib/perl5/site_perl/5.22.0/Bio に入るのに、
${PLENV_ROOT}/versions/5.22.0/lib/perl5/site_perl/5.22.0/x86_64-linux/Bio に入ってしまうのがなんとも、、、
BioPerl Extensions
今の所、必要無いからインストールしない。