未だに、legacy blast を使って説明しているのが多いけど、個人使用においては、blast+ を使わない意味が無いですよ。と。
特に -m8 相当で、subject length とか、 subject title とか出せるんだから、、、、
って書いてた古文書発見1。
その中から、 makeblastdb と blastn、 legacy_blast.pl の所を記載。
他のコマンドに関しては、legacy_blast.pl での変換、及び -help での確認を。
makeblastdb
formatdb の代り
$ makeblastdb -dbtype nucl -parse_seqids -in INPUT
INPUT にファスタ名を
- help =>
makeblastdb -help
blastn
megablast の代り。
例えば、
$ megablast -d BLASTDB -i INPUT -o OUTPUT -m 8 -v 1 -b 1 -e 1e-10 -F F
は、
$ blastn -db BLASTDB -query INPUT -evalue 1e-10 -num_descriptions 1 -num_alignments 1 -out OUTPUT -outfmt 6 -dust no
となる2。
blastall -p blastn の代り
blastn -task blastn であるが、 megablast 機能を OFF にし、遅くなるだけなので脳内からは消し去るべき。
bl2seq の代り
bl2seq も吸収されて、 XXXXX -query FASTA -sbject FASTA に。XXXXX は、blastn とか blastp とか。
-outfmt 6
これは -m 8 に相当するが、-outfmt '6 STR' を指定する事によって、拡張させる事が出来る。もちろんデフォルトの状態から減らす事も出来るが、混乱を避ける為に、減らしたりカスタマイズしすぎたりするのは避けるべき3。
-outfmt '6 std stitle qlen slen'
現在はこの形式で使用している。
Options 6, 7, and 10 can be additionally configured to produce
a custom format specified by space delimited format specifiers.
The supported format specifiers are:
qseqid means Query Seq-id
qgi means Query GI
qacc means Query accesion
qaccver means Query accesion.version
qlen means Query sequence length
sseqid means Subject Seq-id
sallseqid means All subject Seq-id(s), separated by a ';'
sgi means Subject GI
sallgi means All subject GIs
sacc means Subject accession
saccver means Subject accession.version
sallacc means All subject accessions
slen means Subject sequence length
qstart means Start of alignment in query
qend means End of alignment in query
sstart means Start of alignment in subject
send means End of alignment in subject
qseq means Aligned part of query sequence
sseq means Aligned part of subject sequence
evalue means Expect value
bitscore means Bit score
score means Raw score
length means Alignment length
pident means Percentage of identical matches
nident means Number of identical matches
mismatch means Number of mismatches
positive means Number of positive-scoring matches
gapopen means Number of gap openings
gaps means Total number of gaps
ppos means Percentage of positive-scoring matches
frames means Query and subject frames separated by a '/'
qframe means Query frame
sframe means Subject frame
btop means Blast traceback operations (BTOP)
staxids means unique Subject Taxonomy ID(s), separated by a ';'
(in numerical order)
sscinames means unique Subject Scientific Name(s), separated by a ';'
scomnames means unique Subject Common Name(s), separated by a ';'
sblastnames means unique Subject Blast Name(s), separated by a ';'
(in alphabetical order)
sskingdoms means unique Subject Super Kingdom(s), separated by a ';'
(in alphabetical order)
stitle means Subject Title
salltitles means All Subject Title(s), separated by a '<>'
sstrand means Subject Strand
qcovs means Query Coverage Per Subject
qcovhsp means Query Coverage Per HSP
When not provided, the default value is:
'qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send
evalue bitscore', which is equivalent to the keyword 'std'
legacy_blast.pl
legacy blast のコマンド文字列を BLAST+ で実行したいのであれば、
$ legacy_blast.pl コマンド文字列
としてコマンド変換する。
但し、パスが /usr/bin/ 決め打ちとなっているので、
$ legacy_blast.pl コマンド文字列 --print_only
で、変換後のコマンドを確認編集してから実行するのが良い。