概要

Sprite Rendererと通常のMesh Rendererの描画順でハマったのでその備忘録と解決策です
解決策だけ知りたい方はMesh RendererにOrder In Layerを設定するまで飛んでください

半透明描画の描画順

Mesh Renderer

まず下記の条件で調べます

Apple:Render Queue=3000
Boy:Render Queue=3000
位置関係：Boyの方がAppleより手前

この場合、Boyの方が手前として描画されます

次にAppleのRender Queueを+1して3001にします

すると位置関係を無視して、AppleがBoyの前に描画されます

Sprite Renderer

次にSprite Rendererの場合です

Apple:Order In Layer=0
Boy:Order In Layer=0
位置関係：Boyの方がAppleより手前

この場合もBoyが手前として描画されます

Appleの方のOrder In Layerを1に変更します

この場合も位置関係を無視して、AppleがBoyの前に描画されます

Sprite RendererとMesh Rendererを組み合わせた場合

この2つを組み合わせた場合描画順は複雑になります
まず以下のように設定します

表示物	表示方法
Apple	Sprite Renderer	Order In Layer=0
Boy	Sprite Renderer	Order In Layer=0
Car	Mesh Renderer	Render Queue=3000

この場合は素直に手前から描画してくれます

次に一番奥にあるAppleのOrder In Layerを1に変更します

表示物	表示方法
Apple	Sprite Renderer	Order In Layer=1
Boy	Sprite Renderer	Order In Layer=0
Car	Mesh Renderer	Render Queue=3000

するとAppleはCarより手前に描画されるようになってしまいます

このときCarのRender Queueを大きくしてもAppleより手前に描画されることはありません

次節で解決方法を紹介します

Mesh RendererにOrder In Layerを設定する

Mesh Rendererにも実はOrder In Layerのパラメータが存在します
しかし、通常のGUIからは操作できないようになっています。
そこで、Editor拡張を追加することで操作を可能にします

using UnityEngine;
using UnityEditor;
using System.Linq;
using System;


[CustomEditor(typeof(MeshRenderer))]
public class MyMeshRendererInspector : Editor
{
    Editor defaultEditor;

    private void OnEnable()
    {
        this.defaultEditor = Editor.CreateEditor(targets, Type.GetType("UnityEditor.MeshRendererEditor, UnityEditor"));
    }

    public override void OnInspectorGUI()
    {
        serializedObject.Update();
        EditorGUILayout.BeginHorizontal();

        // sorting order
        var sortOrderProperty = serializedObject.FindProperty("m_SortingOrder");
        sortOrderProperty.intValue = EditorGUILayout.IntField("Sort Order", sortOrderProperty.intValue);

        // sorting layer
        var layerIDProperty = serializedObject.FindProperty("m_SortingLayerID");
        var index = System.Array.FindIndex(SortingLayer.layers, layer => layer.id == layerIDProperty.intValue);
        index = EditorGUILayout.Popup(index, (from layer in SortingLayer.layers select layer.name).ToArray());
        layerIDProperty.intValue = SortingLayer.layers[index].id;

        EditorGUILayout.EndHorizontal();
        serializedObject.ApplyModifiedProperties();

        this.defaultEditor.OnInspectorGUI();
    }
}

ソースコードはこちらを参考にさせていただきました
MeshRendererでSortingLayerIDやOrderInLayerを変更する拡張スクリプト

このスクリプトをプロジェクト内に導入することでMesh RendererのOrder In Layerを設定することが可能になります

この機能を使って、CarのOrder In Layerを設定します

表示物	表示方法
Apple	Sprite Renderer	Order In Layer=1
Boy	Sprite Renderer	Order In Layer=0
Car	Mesh Renderer	Render Queue=3000 Order In Layer=1

するとCarがAppleの手前に描画されるようになりました

まとめ

描画順制御は一度やりだすとあらゆるオブジェクトの描画順を管理しなければならないため、極力描画順制御しないつくりを目指すことをお勧めします
特に今回のようにSprite RendererとMesh Rendererが入り混じったシーンの場合、描画順制御の難易度が上がります