■結論
https-portalの永続化ディレクトリの[該当ドメイン]/production/中身を全部DEL（一応中身はローカルに退避したが私のケースでは不要だった）ってコンテナ再起動で直った。

■以下自分用メモ

お客さんからサイト接続時に警告が出ていると連絡があってサイトを確認した。
確かにブラウザで第三者が～～という警告が出ているのを確認。
調べたところSSL証明書の期限が切れているのが原因だと判明。
はて、https-portalを使用して自動更新されていたはずだが何が起こった？

docker-compose ps

でコンテナの状態を確認したらコンテナのステータス自体はUPになっていて正常。

自作した証明書の自動更新スクリプトを手動で実行するも変化なし。
ホストから

wget http://[webコンテナのIPアドレス]

するとindex.htmlが正常に取得出来た。WebServerには問題は無いようだ。
一旦全コンテナを落として状態を確認する事にする。

docker-compose down

問題無くコンテナを終了できた。
再度コンテナを立ちあげる

docker-compose up

http-portalのコンテナ起動時に永続化したディレクトリ内に「chained.crt」が無いとエラーが出ていた。
自動更新スクリプトを何度叩いても同じ。
確認すると指定ディレクトリにこのファイルは無かった。

https-portalの最新のdocker imageをdocker pull

docker pull steveltn/https-portal:1

この状態でdocker-composeの再起動

docker-compose down
docker-compose build
docker-compose up

するも変化なし。

永続化したディレクトリ内から[ドメイン名]/production/内に残っていたファイルをローカルに退避して全削除。
その後https-portalのコンテナを含むdocker-composeを再起動。

無事「chained.crt」が再作成されて起動にhttps-portalのコンテナが正常に起動し、SSLでのサービスも再開された。