Windows PCでLinuxを使ってクライオ電子線トモグラフィー関連のプログラムを動かす（2)CUDA Toolkit, Imod

IMOD本家HP https://bio3d.colorado.edu/imod/
IMODはCryo電顕で撮影した連続傾斜像からの3D再構築やモデル化などを行う標準的ソフトウェアである。
ここではIMODの使い方については説明しない。英語のマニュアルを読み解くか、九工大のEosのHPを参照してください。

かつては、WindowsにはCygwinを使ってインストールしていた。Imodの本家にはその方法も掲載されている。GUIの使い勝手はWSLにインストールするよりもCygwinのほうがよいかも？

Scipion tomoを入れたい場合には、以下は行わずScipionのページへskipしてください。

自分の実行環境

Windows11 Home
Ubuntu20.04.4 LTS
Nvidia GeForforce 1070Ti

CUDA Toolkitのインストール

GPU（NVIDIA CUDA対応）がある場合には、インストールしておく（省略可）。

下記の記事の通りに実行する
https://qiita.com/ksasaki/items/ee864abd74f95fea1efa

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/wsl-ubuntu/x86_64/cuda-wsl-ubuntu.pin
sudo mv cuda-wsl-ubuntu.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.4.1/local_installers/cuda-repo-wsl-ubuntu-11-4-local_11.4.1-1_amd64.deb
sudo dpkg -i cuda-repo-wsl-ubuntu-11-4-local_11.4.1-1_amd64.deb
sudo apt-key add /var/cuda-repo-wsl-ubuntu-11-4-local/7fa2af80.pub
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install cuda

インストールの確認として以下を実行

nividia-smi

Thu May 26 19:43:34 2022
+-----------------------------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 515.43.04    Driver Version: 512.20       CUDA Version: 11.6     |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| GPU  Name        Persistence-M| Bus-Id        Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan  Temp  Perf  Pwr:Usage/Cap|         Memory-Usage | GPU-Util  Compute M. |
|                               |                      |               MIG M. |
|===============================+======================+======================|
|   0  NVIDIA GeForce ...  On   | 00000000:01:00.0 Off |                  N/A |
|  0%   35C    P8     6W / 180W |     14MiB /  8192MiB |      0%      Default |
|                               |                      |                  N/A |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+

+-----------------------------------------------------------------------------+
| Processes:                                                                  |
|  GPU   GI   CI        PID   Type   Process name                  GPU Memory |
|        ID   ID                                                   Usage      |
|=============================================================================|
|    0   N/A  N/A     14946      G   /3dmod                          N/A      |
|    0   N/A  N/A     28904      G   /Xwayland                       N/A      |
+-----------------------------------------------------------------------------+

切れてしまっているが、3段目一番左のブロックでNVIDIA GeForce 1070 Tiが認識されていることが確認できる。
また、CUDA VersionはWindowsにインストールされているバージョン（あるいはインストールされている中で最新のバージョンが表示される）

実際にLinuxにインストールされているバージョンを確認するためには、以下を実行

nvcc --version

nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver
Copyright (c) 2005-2019 NVIDIA Corporation
Built on Sun_Jul_28_19:07:16_PDT_2019
Cuda compilation tools, release 10.1, V10.1.243

この記事では11.4をインストールしているので、11.4が表示されるはず（上記は都合により10.1をインストールした場合が表示されている）

上記記事にある通りdockerやNvidia container toolkit（旧Nvidia docker)を使うと色々便利そうではあるが、勉強不足で理解していないので、ここでは割愛。WSLの場合、そもそも別のディストリビューションを作ってしまう、というのも手だ。

Imodインスール

以下はImodのインストール説明ページに書いてある通りである。
https://bio3d.colorado.edu/imod/download.html
https://bio3d.colorado.edu/imod/doc/guide.html

必要なパッケージ（python2, java)のインストール

sudo apt-get install python
sudo apt-get install default-jdk

*apt-getよりaptのほうがよい？

Imodをダウンロードしてインストール

wget https://bio3d.colorado.edu/imod/AMD64-RHEL5/imod_4.11.15_RHEL7-64_CUDA10.1.sh
sudo sh imod_4.11.15_RHEL7-64_CUDA10.1.sh

一度Ubuntuを再起動したあとに、etomoと3dmodを起動してみる。

etomo
3dmod

それぞれGUIがひらけばOK。

トラブルシューティング

エラー1

Error while loading shared libraries: libGLU.so.1: cannot open such file or directory
directory

対応

sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-x-swat/udates
sudo apt-get dist-upgrade
sudo apt install ubuntu-desktop mesa-utils

エラー2

Could not load the Qt platform plugin "xcb" in "" even though it was found

対応

sudo apt install libxkbcommon-x11-0