Login を伴うのであれば、--login オプションを付ければ、反映される。
docker run -it something_image bash --login
以下のように、Login せずにコマンドだけ実行させたい場合があった。
docker run something_image ls -l
強引ではあるが、以下のように対処した。
docker run something_image bash -c "source /home/root/.bash_profile && ls -l"