1. Manifest に Main クラスと Class パスを定義する設定

maven-jar-plugin を使う

pom.xml

<plugin>
    <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
    <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
    <version>3.1.0</version>
    <configuration>
        <archive>
            <manifest>
                <mainClass>com.blueskyarea.Main</mainClass>							 
                <addClasspath>true</addClasspath>
                <classpathPrefix>lib</classpathPrefix>
            </manifest>
            <manifestEntries>
                <Class-Path>etc/</Class-Path>
            </manifestEntries>
        </archive>
    </configuration>
</plugin>

manifest.mainClass でメインクラスを指定
manifest.addClasspath を true にすることで、依存ライブラリをクラスパスに追加
依存ライブラリは lib ディレクトリに入れる予定なので、manifest.classpathPrefix に lib を指定
プロパティファイルを etc ディレクトリに入れる予定なので、manifestEntries.Class-Path に etc/ を指定(/ が必要)

2. tar.gz にパッケージングする設定

maven-assembly-plugin を使う

pom.xml

<plugin>
    <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
    <artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
    <configuration>
        <descriptor>src/main/assembly/bin.xml</descriptor>
        <finalName>${project.artifactId}-${project.version}</finalName>
    </configuration>
    <executions>
        <execution>
            <phase>package</phase>
            <goals>
                <goal>single</goal>
            </goals>
        </execution>
    </executions>
</plugin>

(追記)maven3.3.0 では、descriptor を descriptors で囲む

maven3.3.0

<plugin>
    <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
    <artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
    <configuration>
        <descriptors>
            <descriptor>src/main/assembly/bin.xml</descriptor>
        </descriptors>
        <finalName>${project.artifactId}-${project.version}</finalName>
    </configuration>
    <executions>
        <execution>
            <phase>package</phase>
            <goals>
                <goal>single</goal>
            </goals>
        </execution>
    </executions>
</plugin>

descriptor を別ファイル(bin.xml)で指定

3. descriptor の設定

bin.xml

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<assembly>
	<id>bin</id>
	<formats>
		<format>tar.gz</format>
	</formats>
	<fileSets>
		<fileSet>
			<directory>src/main/config</directory>
			<outputDirectory>etc</outputDirectory>
			<includes>
				<include>*.properties</include>
			</includes>
		</fileSet>
		<fileSet>
			<directory>target</directory>
			<outputDirectory></outputDirectory>
			<includes>
				<include>*.jar</include>
			</includes>
		</fileSet>
	</fileSets>
	<dependencySets>
		<dependencySet>
			<unpack>false</unpack>
			<scope>runtime</scope>
			<outputDirectory>lib</outputDirectory>
		</dependencySet>
	</dependencySets>
</assembly>

fileSet にて、src/main/config に含まれる *.properties を etc にコピーするように指定
fileSet にて、target に含まれる *.jar を tar.gz にコピーするように指定
dependencySet にて、依存ライブラリを lib にコピーするように指定

4. パッケージングして実行してみる

tar.gz ファイル生成

$ mvn clean package
$ tree
└── target
    ├── sample-project-bin.tar.gz

tar.gz ファイル解凍

$ tar zxvf target/sample-project-1.0-SNAPSHOT-bin.tar.gz
$ tree
├── sample-project-1.0-SNAPSHOT
│   ├── etc
│   │   └── sample-project.properties
│   ├── sample-project-SNAPSHOT.jar
│   ├── lib
│   │   ├── commons-configuration-1.10.jar
│   │   ├── commons-lang-2.6.jar

以下のようにパッケージングされていたことがわかる。

ディレクトリ直下に jar ファイル
lib 以下に依存ライブラリ
etc 以下にプロパティファイル

Manifest ファイルの中身

$ jar -xvf sample-project-1.0-SNAPSHOT/sample-project-1.0-SNAPSHOT.jar META-INF/MANIFEST.MF
$ cat META-INF/MANIFEST.MF 
Manifest-Version: 1.0
Built-By: mh
Class-Path: lib/commons-configuration-1.10.jar lib/commons-lang-2.6.ja
 r lib/commons-logging-1.1.1.jar lib/jetty-server-9.4.12.v20180830.jar
  lib/javax.servlet-api-3.1.0.jar lib/jetty-http-9.4.12.v20180830.jar 
 lib/jetty-util-9.4.12.v20180830.jar lib/jetty-io-9.4.12.v20180830.jar
  lib/jetty-webapp-9.4.12.v20180830.jar lib/jetty-xml-9.4.12.v20180830
 .jar lib/jetty-servlet-9.4.12.v20180830.jar lib/jetty-security-9.4.12
 .v20180830.jar lib/gson-2.2.4.jar etc/
Created-By: Apache Maven 3.5.0
Build-Jdk: 1.8.0_144
Main-Class: com.blueskyarea.Main

以下が定義されていることがわかる。

Main-Class にメインクラスのパッケージ
Class-Path に依存ライブラリとプロパティファイルへのパス

jar 実行

$ java -jar sample-project-1.0-SNAPSHOT/sample-project-1.0-SNAPSHOT.jar
2018-11-17 12:52:49.579:INFO::main: Logging initialized @482ms to org.eclipse.jetty.util.log.StdErrLog
2018-11-17 12:52:49.775:INFO:oejs.Server:main: jetty-9.4.12.v20180830; built: 2018-08-30T13:59:14.071Z; git: 27208684755d94a92186989f695db2d7b21ebc51; jvm 1.8.0_144-b01
2018-11-17 12:52:49.889:INFO:oejs.session:main: DefaultSessionIdManager workerName=node0
2018-11-17 12:52:49.889:INFO:oejs.session:main: No SessionScavenger set, using defaults
2018-11-17 12:52:49.896:INFO:oejs.session:main: node0 Scavenging every 600000ms
2018-11-17 12:52:49.918:INFO:oejsh.ContextHandler:main: Started o.e.j.s.ServletContextHandler@27efef64{/,null,AVAILABLE}
2018-11-17 12:52:49.952:INFO:oejs.AbstractConnector:main: Started ServerConnector@1ef400fa{HTTP/1.1,[http/1.1]}{0.0.0.0:8080}
2018-11-17 12:52:49.953:INFO:oejs.Server:main: Started @882ms

-jar で jar ファイルを指定するだけで実行可能。