pyenv と anaconda は相性が悪い。
pyenv-virtualenv をインストールすると期待通りに動作する。

筆者の環境

anyenv を使ってます

anyenv 1.1.0
pyenv 1.2.11
conda 4.6.14

問題

conda activate というコマンドがないと言われる

> conda activate my_env
CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

指示通り conda init fish してみたが変わらない

原因

この記事でも紹介されているとおり、 conda と pyenv が相性が悪いっぽい
https://qiita.com/y__sama/items/f732bb7bec2bff355b69

対処法の3で紹介されている、 pyenv-virtualenv をインストールしたら問題が解消された。

対処法

> brew install pyenv-virtualenv

~/.config/fish/config.fish

status --is-interactive; and pyenv virtualenv-init - | source

シェルをリロード

> conda create -n my_env
Collecting package metadata: done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /Users/billthelizard/.anyenv/envs/pyenv/versions/anaconda3-2019.03/envs/my_env



Proceed ([y]/n)? y

Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate my_env
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate
> conda activate my_env
> conda info --envs                                                                (my_env)
# conda environments:
#
base                     /Users/billthelizard/.anyenv/envs/pyenv/versions/anaconda3-2019.03
my_env                *  /Users/billthelizard/.anyenv/envs/pyenv/versions/anaconda3-2019.03/envs/my_env

環境の削除

> conda deactivate                                                                (my_env)
> pyenv uninstall anaconda3-2019.03/envs/my_env                             (anaconda3-2019.03)
pyenv-virtualenv: remove /Users/billthelizard/.anyenv/envs/pyenv/versions/anaconda3-2019.03/envs/my_env? y