gitリポジトリに間違ってCRLFのファイルを入れてしまった場合の対処方法。
さきに書いておくとすでにコミットしてしまった歴史は書き換えません。

手順

$ git ls-files | xargs file
.gitignore:         ASCII text
.kitchen.yml:       ASCII text
Berksfile:          ASCII text
Berksfile.lock:     ASCII text
CHANGELOG.md:       ASCII text, with CRLF line terminators
README.md:          HTML document, ASCII text, with CRLF line terminators
metadata.rb:        ASCII text, with CRLF line terminators
recipes/default.rb: UTF-8 Unicode text, with CRLF line terminators
$ nkf -Lu --overwrite CHANGELOG.md README.md metadata.rb recipes/default.rb

xargsでfileコマンドに渡すのがポイント。
頑張ればnkfコマンドへ渡すファイル名も自動化できそうだけども、本当に変更していいかファイル名を見ながら確認してるので一旦この形で。