macOS CatalinaにMonocle3とphateRを導入

macOS CatalinaにMonocle3を導入

MacOS 10.15.3初期状態
R 3.6.3/XCODE導入

XQuartz-2.7.11.dmgをインストール
https://www.xquartz.org/

準備：gfortranのエラー対処

/usr/local/gfortran/libを参照しているのでシンボリックリンクをはる

shellで操作

$ sudo mkdir -p /usr/local/gfortran/lib
$ cd　/usr/local/gfortran/lib
$ sudo ln -fs /usr/local/lib/gcc/9/libgfortran.* ./
$ sudo ln -fs /usr/local/lib/gcc/9/libquadmath.* ./

準備：Bioconductor導入

Rで操作

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

準備：gdalをインストールしておく

sfの導入に必要なのでターミナルでgdalを導入
brew使える環境なら以下のコマンドでok（と思う）

shellで操作

$ brew install pkg-config
$ brew install gdal

Monocle3をインストール

Rで操作

BiocManager::install(c("SummarizedExperiment","SingleCellExperiment", "batchelor", "DelayedMatrixStats", "limma"))

install.packages("devtools")
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')
devtools::install_github('cvarrichio/Matrix.utils')
install.packages("sf", dependencies = TRUE)
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')

phateRをインストール

shellで操作

$ pip3 install phate

Rで操作

install.packages("phateR")

または

if (!suppressWarnings(require(devtools))) install.packages("devtools")
reticulate::py_install("phate", pip=TRUE)
devtools::install_github("KrishnaswamyLab/phateR")