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networkx2neo4j

Last updated at Posted at 2020-12-01

前書き

記事のタイトルだけ見て来てしまった人は,この前書きを読む必要が一切ありません

これは上智大学エレクトロニクス研究部のアドベントカレンダー2日目ですが,この記事の内容は上智大学エレクトロニクス研究部とは1ミリも関係ないです.

動機

生成コストの高いクソデカグラフを生成する必要があったので,それを保存したいな~~~と思ったのが事の発端です.しかしneo4jを利用する必要があったのでしょうか?

neonx

networkxからneo4jへグラフをコンバートするためのモジュールですが,リポジトリを見る限り2014年で開発が途絶えてて怖いので,ここでは使わないことにします.

neo4j

グラフデータベースの一つです.
エンタープライズ版はお金がかかるのでコミュニティ版を利用します.

構築

いろいろ出されていますが,今回はDockerを利用します.

プラグイン

標準モジュールだけでは今回やりたいことは出来なさそうなので,apoc.import.graphmlを使えるようにします.
ここからjarファイルをダウンロードしたら./plugins に配置してください.

docker-compose

docker-comose up -dすればlocalhost:7474にアクセスして使えるようになります.うれし~~~.

docker-compose.yml

version: '3'
services:
  neo4j:
    image: 'neo4j:4.1'
    container_name: neo4j
    ports:
      - "7473:7473"
      - "7474:7474"
      - "7687:7687"
    volumes: 
      - "./data:/data"
      - "./logs:/logs"
      - "./conf:/conf"
      - "./import:/var/lib/neo4j/import"
      - "./plugins:/plugins"
    environment: 
      NEO4J_dbms_security_procedures_unrestricted: "apoc*,algo*"
      NEO4J_AUTH: "user/password"

networkx

グラフをごにょごにょするためのPythonのモジュール.

構築

pipでインストールするだけ.

pip install networkx

実行

手順は以下の通り

  1. グラフを生成
  2. pythonからwrite_graphmlを呼んでエクスポート
  3. neo4jからcall apoc.import.grahmlを呼んでインポート

実際のコードは以下

sample.py
import networkx as nx

#例として頂点数10の完全グラフを生成する
graph = nx.complete_graph( 10 )

#graphML形式で書き出し
nx.write_graphml( graph, './import/example.graphml' , named_key_ids=True )

次にneo4j.
localhost:7474にアクセスして接続設定をしたのちに,以下を打ち込みます.

neo4j
CALL apoc.import.graphml("./import/example.graphml", {})

これでインポートして完了.

まとめ

単にnetworkxのグラフを保存したい人はgraphmlでもgmlでも好きな形式で保存すればよいと思います.neo4jを利用する必要はたぶんないです.

あとがき

上智大学エレクトロニクス研究部について

人の家でコンデンサ爆破して楽しむ人の集まりです.めちゃくちゃ臭かったし絶対許さないからな.

小学生並みの感想

顔も知らないハチャメチャに優秀なメンバーが気合の入った記事を1日目に書いてしまったので辛かったです.

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