リバースコンプリメントを取得したい！
マルチプルアライメントを行う際、個体によってリバースコンプリメントを用意する必要がありますよね。
相補配列をマニュアルで確認して・・・それを逆に書いて・・・
そんなのやってられるか！！！
さて、今回はFASTA形式からリバースコンプリメントをワンラインで取得する方法を紹介します。
seqkitで解決！
ここでも出ました。seqkitです。
以下コマンドで完了です。
seqkit seq -pr input.fasta > output.fasta
-p：相補配列を表示
-r：配列を逆転
どういう場合にリバースコンプリメントを用意するの？
以下の説明は自身の備忘録も兼ねてます。
知っている人は飛ばしてください。
そもそも2本鎖DNAのFASTAは一方のDNA鎖の配列が記載されている。
当たり前の話ですよね．ですが諸学者の落とし穴でもあります．
例えば、遺伝子gene1というものがあったとします。
2本鎖DNAの場合、α鎖かβ鎖のどちらが読まれるかわかりません。
シーケンサーによって、gene1は以下の4パターンで解読されます。
>gene1_α #一方の
aaaggtgcctgacg
>gene1_α_reverce
gcagtccgtggaaa
>gene1_β
tttccacggactgc
>gene1_β_reverce
cgtcaggcaccttt
無茶苦茶ですよね．
アライメントする時に， 自分の比較したい遺伝子配列が，正の向きにあるのか確認しておく必要があります．
マッピングなどでも同様です．適宜リバースコンプリメントの取得が必要となるでしょう．
# 終わりに
リバースコンプリメントの概念を理解することは，ゲノム解析における成長段階の一つだと思う．