Makefile を使った、 LaTeX と 他のツール (R) からの論文作成

論文を用意する場合は、R などで図を用意し、 LaTeX で論文を作成することが多い。 ここでは、.tex や .r を用意し、自動的に更新する方法を示します。

ここでは、 Sweave や RMarkdown など、R の中で文書を生成する方法とは異なる方法を説明しています。 実際、ここの方法は他のツール、例えば Python+matplotlib などにも応用することができます。

なお、MacOSX 上で、Fink によってインストールされた texlive と r-base を使用しています。

次に、用意するファイルです。

• Makefile
• ronbun.tex
• fig.r
• data.csv

Makefile

TARGET := ronbun
PNGFILES := fig.png

REMOVE=rm -f
LATEX=/sw/bin/platex -kanji=utf8 -shell-escape
BIBTEX=/sw/bin/bibtex
DVIPDFMX=/sw/bin/dvipdfmx
EBB=/sw/bin/ebb
RSCRIPT=/sw/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/Rscript

all: $(TARGET).pdf 

clean:
    $(REMOVE) *.aux *.log *.dvi *.bbl *.bbg *.bb *.xbb

$(TARGET).tex: $(PNGFILES)

.tex.pdf:
    -$(LATEX) $(TARGET).tex && $(BIBTEX) $(TARGET)
    $(LATEX) $(TARGET).tex && $(LATEX) $(TARGET).tex && $(DVIPDFMX) $(TARGET).dvi

.r.png:
    $(RSCRIPT) $<

.SUFFIXES: .tex .bib .pdf .dvi .r .png .bb .xbb

.PHONY: all clean

ronbun.tex

\documentclass[a4paper,12pt]{jsarticle}
\usepackage[a4paper]{geometry} 
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
\usepackage{amsmath,amssymb}

\begin{document}

\section{はじめに}
論文をかくときは、LaTeXやRを使う。

\includegraphics[width=100mm]{fig.png}

\end{document}

fig.r

png('~/Documents/fig.png', 
    width = 100, height = 100, units = "mm", res=300, pointsize = 8)
par(family="Hiragino Kaku Gothic Pro W6")
Dataset <- read.table("data.csv", header=TRUE, 
    sep=",", na.strings="", dec=".", strip.white=TRUE)
.Table <- xtabs(~X+Y, data=Dataset)
barplot(as.matrix(.Table), 
     ylim=c(-1,50),
     xlim=c(0,3),
     space=0.5,
     xlab="X", ylab="Number of patients", 
     axes = TRUE,
     col=c("white","darkgrey"),
     names.arg=c('X1','X2'),
     legend.text = TRUE, 
     args.legend = list(x = "topleft", bty = "n"),
     border = T)
abline(h=0) 
dev.off()

一行目で保存先を指定しているので、適宜変えてください。

data.csv

X,Y
1,1
1,1
1,1
1,2
1,2
2,1
2,2
2,2
2,2
2,2

では、論文を作成しましょう。

$ make

これで、自動的に .png ファイルが作成され、.tex が .pdf に変換されます。