Windows のサービスとしてインストールした Jenkins のセッションタイムアウトの設定を変更する方法です。
調べ方が悪く、なかなか方法が分からなかったため、メモしておきます。
jenkins.xml の <arguments>...</arguments> の中の末尾に --sessionTimeout=1440 (1440 分) と追記して Jenkins サービスを再起動したら変更が反映されました。
<arguments>... --sessionTimeout=1440</arguments>