Gluejob pythonScriptでmongo Atlasからデータ取得をしてみた

本記事について

この記事では, AWS GlueJobでmongoDBに接続してデータを取得し, s3に保存する処理をまとめて
記述していきたいと思います.

前提条件

本来glueでmongo Atlasを接続する際, その旨を設定する必要がありますが
本記事ではできていることを前提とします.（後日詳しく記入）

アーキテクチャ図

gluejobで作成したコード

glue_sample.py

import pandas
import pymongo
import boto3
from pymongo import MongoClient

'''s3に送るプログラム'''
def upload_data(dist_bucket, s3_file_path, file_name):
    S3_RESOURCE = boto3.resource('s3')
    s3_source_bucket = S3_RESOURCE.Bucket(dist_bucket)
    s3_source_bucket.upload_file(file_name, s3_file_path)

''' query取得部分'''
def mongo_query():
        client = pymongo.MongoClient("mongodb+srv://{User}:{Password}@{接続host}?retryWrites=true&w=majority")
        #mongoDB nameの指定
        db = client.{{db}}
        #mongoDB Collectionの指定
        path_collection = db.{{collection}}
        #mongoDB データ取得
        collection_data = path_collection.find({query})
        #データフレームにする
        df = pandas.DataFrame(collection_data)
        #csvで返す
        return df.to_csv('{{file_name}}.csv')
'''関数の実行'''
mongo_query()
today = datetime.date.today()
SOURCE_BUCKET = 's3_bucket'
s3_file_path  = '{{file_name}}.csv'
upload_data(SOURCE_BUCKET,s3_file_path, str(today)+'{{s3_output_filename}}.csv')

注意点

pythonでmongoDBと接続する際にはpymongoが必要
mongodb+srv://を使用する為には, PyMongo'[srv]'が必要
通常python Scriptで実行するときには下記のライブラリをインストールする.

pip

python -m pip install pymongo[srv]

をインストールする.
glueではpip installできない為, 自分でwhlファイルを用意する.

用意するのは下記2つ

• pymongo
  
  https://pypi.org/project/dnspython/
• dnspython
  
  https://pypi.org/project/dnspython/

glue jobの設定

独自のライブラリを使用する際には, 以下の部分で設定する.

のここの部分↓

に以下のように設定する.

pythonライブラリパスの設定例

s3://{{s3_bucket}}/dnspython-2.1.0-py3-none-any.whl,s3://{{s3_bucket}}/pymongo-3.12.1-cp36-cp36m-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

終わりに

上記のように設定することによって, mongo Atlasから, glue job python Scriptを使ってデータを取得することができる.