strongSwan の IKE SA のリキー間隔はデフォルトで 4 時間になっていますが、iOS は 1 時間経過すると IKE SA を破棄してしまうため、それまでにリキーが行われないと VPN 接続が切れてしまいます。
そのため strongSwan の設定でIKE SAのリキー間隔を 1 時間にします。Child SA のリキー間隔はそれよりも短い 30 分にします。

swanctlの場合

swanctl.conf

connections {
    <コネクション名> {
        ...
        rekey_time = 1h
    }

    ...

    children {
        <子SA名> {
            ...
            rekey_time = 30m
        }
    }
}

ipsec.conf を使う場合

ipsec.conf

conn <コネクション名>
  ...
  ikelifetime=1h
  lifetime=30m

これで 1 時間以上接続しても VPN 接続が切れないようになります。