前提
Windows 10 + Unity 5.6.1f1 環境での挙動なので、他のOSやバージョンでは異なる可能性があります。
PlayerPrefsの保存場所
UnityEngine.PlayerPrefs の保存場所は、Windows環境の場合レジストリです。
ドキュメントには以下の記載があります。
On Windows, PlayerPrefs are stored in the registry under HKCU\Software\[company name]
[product name] key, where company and product names are the names set up in Project Settings.
しかし実際には、上記はビルドしたもの（Standalone)の保存場所です。
Editor上で実行した場合は以下の場所に保存されます 。
HKCU\Software \Unity\UnityEditor \[company name]\[product name]
ドキュメントにわざわざ「Editor/Standalone」と書いてあるのに実際には異なっている、という罠でした。