DigitalMicrograph導入
Gatan の DigitalMicrograph (DM) を導入。
v3.43のfree license版(2021.3)
v3.4以降でpythonと連携できるようになったことは聞いていたが、それ以外にもかなり機能が追加されていそう。
インストール時にできたDocumentationフォルダには見たことがないpdfファイルが多数。
MSA (Multivariate Statistical Analysis) やそのscriptが可能になった模様。
ぱっと見た感じtemDMのほうが高機能に思える。
DM関連ソフト
Gatan公式
HyperSpy
DMでpythonが使えるようにはなったが、pythonを使うならとりあえずこっちで試してみる。
多数のファイルフォーマットに対応しているので、いったんHyperSpyで読み込みフォーマット変換した後DMで強引に開く荒業が可能。
temDM
PCA (Principle Component Analysis) をベースとしてGUIに優れた高機能MSAが可能。HyperSpy の Machine Learning ではできない free rotation がとても使える。
これだけ高機能で無償なのが信じられない。
NiermannのHDF5 plugin
temDMを使うのであれば入れておく。
script
D. R. G. Mitchell
自分でscriptを書く時の参考になる。
SI (Spectrum Imaging) のライセンスがないとき、ここの SITools のお世話になる。
他にも DiffTools 等、参考になるだけでなく実際に使えるplugin, scriptが多数。
FELMI-ZFE
汎用的なものから特定用途まで多数のscriptを公開。scriptを探すときはここか上記のD. Mitchell氏のサイトのほぼ2択。この2つに無いときは自分で作ることを考えたほうが良い。
Gatan公式
チュートリアル的なscript集。python関係のサンプルscriptが増えている。
Crop image to selection が地味に便利なのでインストール。他にも便利なものがあるかも。