基本的にはloader-wizard.phpの指示通りに設定をすればOK
自分が設定する際にはまってしまったのでいくつか注意点を挙げておく
１．指定されたプログラムを読み込む時には必ず外部ファイルで読み込む。php.iniに直接書いてはいけない。一応php.iniに書いても読みこめているが、暗号化したプログラム自体が動かなくなるので、必ず外部ファイルで読み込む。
２．プログラムの読み込みは必ず他のzend_extenstionよりも先に行う。xdebugなどzend_extenstionの機能を使うときにはそれらの設定ファイルよりも前に読み込む必要がある。
３．暗号化したプログラムファイルに直接記述してはいけない。自分は当初画面が真っ白になったときにエラー表示を出力させようとして、 プログラム先頭にini_set( 'display_errors', 1 );と書き込んでいたが、このようなことはしてはいけない