Change-Oの使い方

Change-Oとは

igbalstなど、Ｖ（Ｄ）Ｊアラインメントツールの出力を処理し、クローンクラスターを免疫グロブリン（Ｉｇ）配列に割り当て、そして生殖系列配列を再構築するためのツールの集まりです。

igblastのアウトプットは非常に見づらいので、その後のChange-OのMakeDb.pyで見やすいフォーマットに変換します。

Change-Oのダウンロード

pip3 install changeo --user

もしくは以下でもダウンロードできます。

wget https://bitbucket.org/kleinstein/changeo/downloads/changeo-0.4.4.tar.gz
tar zxvf changeo-0.4.4.tar.gz
export PATH="$PATH:/PATHTOCHANGEO/changeo-0.4.4/bin"

igblast

まずは、Change-Oをするまえに、igblastでアノテーションを行います。
igblastの設定は以下の通りです。

igblastn \
    -germline_db_V ~/share/igblast/database/imgt_human_ig_v\
    -germline_db_D ~/share/igblast/database/imgt_human_ig_d \
    -germline_db_J ~/share/igblast/database/imgt_human_ig_v \
    -auxiliary_data ~/share/igblast/optional_file/human_gl.aux \
    -domain_system imgt -ig_seqtype Ig -organism human \
    -outfmt '7 std qseq sseq btop' \
    -query S43_atleast-2.fasta \
    -out S43_atleast-2.fmt7

IMGT-gapped リファレンスシーケンスの作成

以下のウェブサイトから、適切なシーケンスをダウンロードします。
http://www.imgt.org/vquest/refseqh.html

例は以下の通りです。

# Human TCR
## TRA
wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRAV.fasta
wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRAJ.fasta

## TRB
wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRBV.fasta
wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRBD.fasta
wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRBJ.fasta

## TRD
wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRDV.fasta
wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRDD.fasta
wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRDJ.fasta

## TRG
## TRD
wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRGV.fasta
wget http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRGJ.fasta

cat TR?V.fasta > human_tr_v.fasta
cat TR?D.fasta > human_tr_d.fasta
cat TR?J.fasta > human_tr_j.fasta

MakeDb.py

igblastのアウトプットを見やすい形にするには、MakeDb.pyをかけます。コマンドは以下の通りです。

MakeDb.py \
    igblast \ 
    -i S43_atleast-2.fmt7 \ #igblastのアウトプット
    -s S43_atleast-2.fasta \ #igblastをかける前のfastaファイル
    -r human_tr_v.fasta human_tr_d.fasta human_tr_j.fasta \ #上記で作成したリファレンスシーケンス
    --regions \ 
    --scores

アウトプット

アウトプットファイルは、ibglastのアウトプットファイルと同じディレクトリに作成されます。名前はigblastの後ろに"_db-pass.tab"がつきます。