podman で shiny-server #R

0. はじめに

きっかけ：
Debian でいろいろと運用している。shiny-server は Debian のパッケージと、それとは別に入れたパッケージが混在して状態で運用していた。Debian 12 にしたときに、shiny-server が動かなくなった。このストレスから開放されるために、コンテナを利用する。
この文章の目的：
- コンテナを扱ったことがなかった私の備忘録として
- docker でなく podman を使った場合の例として
- shiny-server を立ち上げる手順として

1. インストール

1.1 podman

apt update
apt upgrade
apt install podman

1.2 名前空間の設定

ファイルを編集して、次のような記述を追加する。この記述は、uid,gid それぞれ、500000から、65536個分という意味になる。すでにエントリーがある場合には、重ならないように設定する必要があるので注意する。先頭に# を入れればコメントになるので説明を入れておくと良い。username のところは、自分のログイン名とする。

/etc/subuid

# for podman
username:500000:65536

/etc/subgid

# for podman
username:500000:65536

設定を反映させるためにシステムを再起動する。（再起動させないで反映させる方法がありそうだけど。）

2. 基本操作

hello-world を例に、基本的な操作についてまとめる。

2.1 イメージの取得

podman pull docker.io/hello-world

2.2 イメージからコンテナを作成して実行

podman run hello-world
run では、pull(ダウンロード)したイメージから新しいコンテナを作成して実行する。（巷のdockerの解説に表示されているようなことが表示される。）

2.3 コンテナ一覧

ps
podman ps
この段階では、実行中のものはない。hello-world は、文字列を表示して終了している。そこで何も表示されない。
ps -a
podman ps -a
実行中でないものも含めてコンテナが表示される。そこで、ここではhello-world のコンテナが表示される。

2.4 停止と再稼働

停止
podman stop [コンテナIDか名前]
再稼働
podman start [コンテナIDか名前]

2.5 コンテナの削除

podman rm [コンテナIDか名前]
で、削除。イメージは削除されない。

2.6 イメージの操作

イメージの一覧
podman images
イメージの削除（コンテナを削除しないと削除できない）
podman rmi [イメージIDまたはイメージ名:タグ]

2.7 その他の重要な情報

コンテナをデタッチモード（バックグラウンド）で実行
podman run -d ....
コンテナのポートに外部からアクセス（ホストマシンのポートを転送）
podman run -p [ホストのポート]:[コンテナのポート] ....
コンテナからホストのファイルにアクセス（マウント）
podman run -v [ホストのパス]:[コンテナのパス] ....
　※ -v は複数指定できる。
コンテナ内のbash を立ち上げる。
podman exec -it [コンテナ名またはID] bash

2.8 システム起動時に自動起動

systemd を利用する。具体例を以下のshiny-server の項で示す。

3. shiny-sever の導入

3.1 イメージそのままでの実行

これまでの情報だけで運用できるかな？

podman pull docker.io/rocker/shiny
podman -d -p 3838:3838 -v /srv/shiny-server:/srv/shiny-server rocker/shiny

これで、http://(podmanを動かしているマシン):3838/ にアクセスすれば、shiny-server が動いていることが確認できる。
良かった！すばらしい！ここまでは…。

3.2 カスタムイメージ

ところが、私は、R にいくつかのパッケージを入れて運用している。それを入れなければ動かない。起動する度に、bash で入ってパッケージを入れるのは困難だ。そこで、イメージをカスタマイズする。
適当なディレクトリで、次の Dockerfile を作成する。

Dockerfile

# ベースイメージとしてrocker/shinyを使用
FROM rocker/shiny:latest

# 必要なシステム依存関係をインストール
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    libnetcdf-dev \
    netcdf-bin

# Rパッケージをインストール
RUN R -e "install.packages('ncdf4', dependencies=TRUE)"

その上で、次のコマンドを実行する。
podman build -t custom-shiny-app .
これで、新しいイメージ custum-shiny-app ができたので、これを run すれば良い。
　
注意:

ファイル中の RUN 以降はコマンドになっている。rocker/shiny のベースのシステムは Ubuntu なので、apt を使っている。
　
カスタムイメージを更に変更するには、FROM の部分を FROM localhost/custom-shiny-app と、先程作ったイメージを指定すればよい。

3.3 自動起動

※ 以下に systemd を使う方法を書いたが、うまくいかない。→ とりあえず、crontab で起動時に実行するようにする。
　→ crontab でもうまく動かないようだ。保留。

~~設定ファイルを作る~~

/etc/systemd/system/myshiny.service

[Unit]
Description=My Shiny Container

[Service]
Restart=always
ExecStart=/usr/bin/podman start [コンテナIDか名前]
ExecStop=/usr/bin/podman stop [コンテナIDか名前]

[Install]
WantedBy=multi-user.target

この設定ファイルでは、一度、shiny-server のコンテナを作成して実行していることを前提としている。テストしてから自動起動に移行すると思うので、それで問題ないはず。
　
2. 登録

sudo systemctl daemon-reload
sudo systemctl enable myshiny.service

4. コメント

Debian のパッケージ vs コンテナ
コンテナは、動くことが（かなり）確実なので手軽に使える。しかし、手を加えようとすると敷居が高くなる。多くのパッケージ依存性があるアプリを、安定的に運用するのにはコンテナが良さそうだ。
　
自動起動で実行するのは root
自動起動にする場合には、スーパーユーザー(root)になってしまう。podman にした意味があまりないような気もする。