リポソームの外形を抽出するImageJのマクロ

ImageJを使って画像を二値化し、リポソームの外形を抽出するマクロ。下記論文中のFig. S10.の作図に使ったImageJのマクロです。論文ではImageJで顕微鏡画像からリポソームの外形データを抽出した後にRで解析してリポソームの変形を可視化しています。

De Novo Synthesis of Basal Bacterial Cell Division Proteins FtsZ, FtsA, and ZipA Inside Giant Vesicles
Furusato T. et al., (2018), ACS Synth Biol, 7(4), 953-961

#インストールと使用方法
下記コードをtxtファイルとしてImageJ/macrosに保存。ImageJを開きPlugins->installでインストール。これで、PluginsにExtract_liposome_formというメニューが追加される。あとは、解析したい画像ファイルが入ったフォルダを選択するだけ。これで、tifデータからリポソームの外形データが抽出されたファイルが作成される。

//Extract_liposome_form ver1.0
//20180607ami

macro "Extract_liposome_form" {

//setting
dir = getDirectory("Choose a Directory");
filelist = getFileList(dir);
run("Set Measurements...", "area circularity perimeter redirect=None decimal=3");

//Start Loop
for (i=0; i<filelist.length; i++){

path1 = dir + filelist[i];
open(path1);

run("Smooth");
run("8-bit");
run("Threshold...");
setThreshold(0, 255);
run("Convert to Mask");
run("Analyze Particles...", "size=100-Infinity circularity=0-1.00 show=Outlines display exclude");
}

saveAs("Results", dir + "Results.xls");
}