windowsでJupyter Notebookを用いてRDKitを使えるようにする方法

Windows PCでもRDKitを便利に使いたい！
と思ったものの，設定になかなか手こずったのでその備忘録。

STEP1

まずはAnaconda3をインストールする。
インストールされたAnaconda Prompt(anaconda3)を開き，以下のコマンドを実行。

conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

my-rdkit-envという仮想環境が作成される

STEP2

以下のコマンド例に従い，Anaconda Promptを立ち上げ、baseとmyenv両方にインストール。
(仮想環境の切り替えを相互に行うため、base仮想環境と自分の仮想環境両方にjupyterとenvironment_kernelsモジュールが必要らしい。)

conda activate base
(base) C:\Users\((User_name))>pip install jupyter environment_kernels
(base) C:\Users\((User_name))>conda deactivate

conda activate my-rdkit-env
(my-rdkit-env) C:\Users\((User_name))>pip install jupyter environment_kernels

スタートメニュー→Anadonda3 64-bit→Jupyter Notebook(64bit)で起動されるのはbase環境のJupyter。

STEP3

デフォルト仮想環境baseでJupyter初期設定ファイルを生成・編集。
Jupyerの初期設定ファイルは１つのはずなのでどちらでも良いはずだがbaseで行う。

(base) C:\Users\((User_name))>jupyter notebook --generate-config
Writing default config to: C:\Users\((User_name))\.jupyter\jupyter_notebook_config.py

作成したjupyter_notebook_config.pyをテキストエディタで開いて編集する。

## The kernel spec manager class to use. Should be a subclass of
#  `jupyter_client.kernelspec.KernelSpecManager`.
#  
#  The Api of KernelSpecManager is provisional and might change without warning
#  between this version of Jupyter and the next stable one.
#c.NotebookApp.kernel_spec_manager_class = 'jupyter_client.kernelspec.KernelSpecManager'

↑こんな感じの所を・・・

↓こんなん（下に二行書き加える）にする。

## The kernel spec manager class to use. Should be a subclass of
#  `jupyter_client.kernelspec.KernelSpecManager`.
#  
#  The Api of KernelSpecManager is provisional and might change without warning
#  between this version of Jupyter and the next stable one.
#  Default: 'jupyter_client.kernelspec.KernelSpecManager'
# c.NotebookApp.kernel_spec_manager_class = 'jupyter_client.kernelspec.KernelSpecManager'
c.NotebookApp.kernel_spec_manager_class='environment_kernels.EnvironmentKernelSpecManager'
c.EnvironmentKernelSpecManager.conda_env_dirs=['C:/Users/((User_name))/anaconda3/envs/']

['C:/Users/((User_name))/anaconda3/envs/']のところは自分でenvsを探してパスを確認して書く。

これでJupyter NotebookのNewのタブにEnvironment(conda_my-rdkit-env)が追加されたはずなので，そこから始めると，rdkitモジュールが読み込める‼Chem関数等々が使える‼

★終わり★