AndroidStudio のリネーム機能でファイル名を変更した際に、大文字と小文字の差分がgitで認識されないことが度々発生しているのでメモ。
(AndroidStudioだから発生しているというわけではなく、自分の環境がそれなので。)
SourceTreeなどのgitクライアントを使っていても差分として上がってきません。
そうなってしまった時はgitコマンドでファイル名をリネームするとうまくいきます。
$ git mv -f MAinActivity.java MainActivity.java
-fオプションをつけないと同じファイル名が存在するよ！と怒られてしまうので、
-fで強制的に変更してください。