サーバー上の未知のディレクトリをローカルに転送する場合、下記のコマンドをローカルで実行すると無難だと思いました。

rsync -av username@server_ip:/(絶対パス)/ local_dir

未知のディレクトリ配下にシンボリックリンクがあっても良い感じに転送してくれるのがrsync -avでした。
例えばscp -rなどで転送するとシンボリックリンクの中身も全部コピーされてしまい、転送に時間がかかります。

補足

rsyncのオプションです。

-avはこれら全部を指定しているのと同じです。

(追記)