現在Unity 5.5.0f3でスマホ向けにアプリを作っています。
ひとつのシーンにゲームの中身を全部詰め込む方式で作っていたのですが、
作り込んでいくうちにだんだんとアプリの起動が重くなっていって、ついには
Unityのロゴが表示されないくらい重くなってしまいました。
どうしよう。
Resourcesに画像につめこみすぎたかな・・・？
などとしばらく悩みましたが、ゲームの起動時にからっぽのSceneを表示するようにしてみたところ、
アプリの起動がサクサクになってみごと解決。
このからっぽのSceneでローディングなりタイトルを表示するなりして
お茶を濁せば良さそうです。
（SceneManager.LoadSceneAsyncを使えばシーンをロードしながら画面が更新出来る）
スプラッシュスクリーンが表示中かどうか判定する機能もあるようです。
http://unitynightowlgames.hatenablog.com/entry/2016/09/24/193450
追記
僕の場合、どうやらサウンドファイルのロードに時間がかかっていたみたいでした。
サウンドアセットを選択した状態でインスペクターに表示される
「Load in Background」
という項目にチェックを入れると、ロード時間を短くすることができました。
ただし、音を再生するタイミングになってからロードが始まるみたいなので、Play()してから実際に音が鳴るまで若干のタイムラグが発生します。