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Windows10 HomeにDockerを導入してRstudioを使ってみよう

はじめに

この記事はDockerを使うのが初めての人、Dockerイメージを使ってRstudioを使いたい人に向けた導入です。今回使ったLocal環境はWindows10 Home、64bitです。Oracleのvirtual boxはインストールしなくて大丈夫です。

Dockerをインストール

 下記のDockerのホームページからWindows10 Homeに対応したインストーラーをダウンロードします。
https://docs.docker.com/docker-for-windows/install-windows-home/

Windows10 Homeを更新しよう

Window10 Homeのバージョンが19018以上でないとDockerはインストールできません。更新する必要があります。現在のバージョンはキーボードでWinキー+Rを押してwinverと入力すれば確認できます。
バージョン確認.PNG

 
バージョンが古い場合はアップデートが必要ですが、Windows Insider Programに登録していない人は現時点(2020年6月22日)でバージョン1909以降にアップデートできないため、登録が必要になります。登録がまだの人はWindowsの設定→更新とセキュリティ→Windows Insider Programに移動してInsiderに登録しましょう。この時Insiderの設定はスロー(推奨)にしておきましょう。登録が済んだらWindows Updateから更新します。
Insider.PNG

Dockerをインストール

インストールが進むとWSL 2:penguin:をインストールするするように勧められるので従います。このWSL 2のおかげで、Windows10 HomeでもDockerが使える仕組みです。全てのインストールが完了したらさっそく使ってみましょう。

Dockerを起動する

Windowsの検索スペースにcmdと入力しコマンドプロンプトを起動します。
dockerと入力し下の画像のようにコマンドの例がたくさん出てきたら成功です!ではさっそくdockerからRstudioを使ってみましょう。
コマンド.PNG

Rstudioを使う

STEP 1 イメージの取得

コマンドプロンプトにdocker pull rocker/rstudioと打ち込みRstudioのイメージを取得します。

STEP 2 仮想環境とローカルの共有フォルダを作る

下のコマンドを入力しSTEP 1で取得したイメージから仮想環境を整えます。この際、仮想環境とローカルディレクトリに共有のフォルダを作ります。なので、ローカルディレクトリ(自分のパソコン)とRstudio上でのディレクトリを入力します。
 ここで少しややこしいですがWindows上のローカルディレクトリはバックスラッシュ\で設定し、rstudio上でのディレクトリにはスラッシュ/を使ってください。\はコマンドプロンプト上では¥と表示されます。

docker run -e PASSWORD='パスワードを設定してください' --rm -p 8787:8787 -v C:\Users\Desktop\R\:/home/rstudio/mydesktop rocker/rstudio
STEP 3 Rstudioへ

DockerのダッシュボードからOPEN IN BROWSERをクリックするとRstudioがブラウザ上で起動します。この時IDとパスワードを聞かれますが、IDはrstudio、パスワードは先ほどのコマンドで設定したものを使います。
Open in browser.PNG
R.PNG

R version 4.0.0、私の知っている限りでは最新です。Rのアップデートを自分で行う時の煩わしさから解放されるのがDockerのいいところです。Rstudio右下のHomeにStep 2で設定したフォルダ(先ほどのコマンドではmydesktop)が出来ていれば完了です。
ディレクトリ.PNG
ちなみにブラウザを閉じるとコンテナもなくなるのでファイルは共有したローカルフォルダに保存しましょう。

参考ウェブサイト

akari5
Qiime2 やRを使って土壌微生物の解析を行っています。解析は始めたばかりですが、頻繁に更新していく予定です。
https://samuikaraikanai.wixsite.com/kimuraakari
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