mysql.general_log2がINNODB_SYS_TABLESに存在するがTABLESに存在しない

TL;DR

RDSであれば、Troubleshootingをやめて、新規クラスターを作成しデータ移行するか、AWS Supportに連絡かをしましょう。

症状

MySQL8 にアップグレードする時、Precheckで下記のエラーが検知。文面通り、mysql.general_log2というTableがないのに、INNODB_SYS_TABLESに存在している。

        {
            "id": "schemaInconsistencyCheck",
            "title": "Schema inconsistencies resulting from file removal or corruption",
            "status": "OK",
            "description": "Error: Following tables show signs that either table datadir directory or frm file was removed/corrupted. Please check server logs, examine datadir to detect the issue and fix it before upgrade",
            "detectedProblems": [
                {
                    "level": "Error",
                    "dbObject": "mysql.general_log2",
                    "description": "present in INFORMATION_SCHEMA's INNODB_SYS_TABLES table but missing from TABLES table"
                }
            ]
        }

クエリで取得した結果。

mysql> select * from information_schema.innodb_sys_tables where NAME = 'mysql/general_log2';
+----------+--------------------+------+--------+--------+-------------+------------+---------------+------------+
| TABLE_ID | NAME               | FLAG | N_COLS | SPACE  | FILE_FORMAT | ROW_FORMAT | ZIP_PAGE_SIZE | SPACE_TYPE |
+----------+--------------------+------+--------+--------+-------------+------------+---------------+------------+
|   124561 | mysql/general_log2 |    1 |      9 | 124547 | Antelope    | Compact    |             0 | Single     |
+----------+--------------------+------+--------+--------+-------------+------------+---------------+------------+
1 row in set (0.04 sec)

mysql> select table_name from information_schema.tables where TABLE_SCHEMA ='mysql' and TABLE_NAME = 'general_log2' ;
Empty set (0.02 sec)

原因

RDSのせいだと思われる。

ログをRotateする時に上手くいかず、ゴミが残ってた。

普通はどう対処する？

マスターユーザーで残っているファイルを削除。

mysql> select * from information_schema.innodb_sys_datafiles where path like "./mysql/general_log2.%";
+--------+--------------------------+
| SPACE  | PATH                     |
+--------+--------------------------+
| 124547 | ./mysql/general_log2.ibd |
+--------+--------------------------+
1 row in set (0.05 sec)

RDSであれば打つ手がない

なぜなら、Master User(root)でもmysql Tableを変更する権限もないし、MySQLのファイルシステムにアクセスできないから。

じゃどうすればいい

• データベースをDumpして新規クラスターに移行
• AWS Supportに連絡して対応してもらう
  • 解決できる保証がないけど