Hey OSS maintainers! You can now stop getting any new PRs/issues/comments on your deprecated/unmaintained repos: https://t.co/ZfajGVGZD4
— Mike McQuaid (@MikeMcQuaid) November 8, 2017
レポジトリをアーカイブすることで、新しいPRs/issues/commentsを作成出来なく出来ます。
自分の場合は、モノレポに移行し以前のレポジトリを管理する必要がなくなったので、このアーカイブを使いました。
削除するのも手ですが、レポジトリへのリンクが記事などで使われている場合があり、404ではなく次のレポジトリへと導線として残すのは良い手段だと思います。
方法としては、Archive this repository.
をクリックして、サブミットするだけです。