line_edit.release_focus() を呼びましょう

Focus とは？

Focus とは、「アクティブなUI要素のうちどれが選択されているのか」を表す概念です。
「ゲームパッド操作でのメニュー操作中にカーソルが当たっているUI要素」をイメージすると分かりやすいかもしれません。
Focus を持つUI要素は必ず1つだけです。

`LineEdit` と Focus

テキスト入力ができるUI要素である LineEdit 、およびそれを利用して数値のみの入力ができる SpinBox(下図参照) では、「自身がフォーカスを持っているか否か」で「入力中か否か」を判定しています。

そして、デフォルトで Enter キーを押すと入力が確定される(かつ、対応したシグナルを発信する)ようになっているのですが……なんとフォーカスが外れません。
一応、「次の入力へ進む」だけならば Tab を押すと focus_next に設定されたノードへ進んでくれますが、「入力が終わったらとりあえずフォーカスを外したい」「Enter でも進んで欲しい」といった需要はあるかと思います。

Focus を外す方法

Control.release_focus() を呼ぶというわけです。
LineEdit は当然 Control を継承していますから、 line_edit.release_focus() のように書けば実装できます。

ただし、 SpinBox の場合は注意が必要です。
Focus を持っているのは SpinBox 本体ではなくて SpinBox.get_line_edit() で取得できる、内部の LineEdit の方です。
そのため、 spin_box.get_line_edit().release_focus() としないと何も起きません。

参考文献

Keyboard/Controller Navigation and Focus — Godot Engine (4.x)の日本語のドキュメント
 Control — Godot Engine (4.x)の日本語のドキュメント
 LineEdit — Godot Engine (4.x)の日本語のドキュメント
 SpinBox — Godot Engine (4.x)の日本語のドキュメント