パッチを作成してあてればよい。
概ね参考記事: git stashで待避した内容のパッチを作成・反映するの通りでよいが、いちいち適用先を聞かれないように -d オプションでパスを指定するともっと楽だと思われる。
詳細は参考記事を参照してください。

操作手順

operation-flow.sh

# 以前のリポジトリで最新のスタッシュをパッチにする
cd /path/to/old-working-copy
git stash show stash@{0} -p > /path/to/stashed.patch

# 新しいリポジトリでパッチを適用する
cd /path/to/new-working-copy
# -d . で現在のディレクトリを指定して、対象の確認を出さないようにする
patch --dry-run -p1 -d . < /path/to/stashed.patch