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RのパッケージplumberをFargateで動かす

Last updated at 2023-09-16Posted at 2023-05-28

はじめに

Rには、スクリプトをREST APIにできる"plumber"というパッケージがあります。今回はイメージ化したplumberの環境を、ECSハンズオンの構成で動かしてみました。

参考

やったこと

作業はCloud9で行いました。

ディレクトリ・ファイル作成

まずは各種準備です。

# プロジェクトのディレクトリ作成
mkdir test-plumber && cd test-plumber

# イメージプル
docker pull r-base

# 必要なファイルを作成
touch Dockerfile
touch plumber.R
touch sample.R

Dockerfileは以下になります。参考にしたページとは、インストールするパッケージがあったり、ポート番号が異なったりしています。

Dockerfile

FROM r-base

COPY  sample.R /usr/local/src/
COPY  plumber.R /usr/local/src/

WORKDIR /usr/local/src/

# install the linux libraries needed for plumber
RUN apt-get update -qq && apt-get install -y \
  libsodium-dev \
  libcurl4-gnutls-dev

RUN R -e 'install.packages("plumber")'

EXPOSE 80

ENTRYPOINT ["Rscript", "plumber.R"]

以下はRになります。

plumber.R

library(plumber)
api <- plumber::plumb("sample.R")
api$run(host = "0.0.0.0", port=80)

sample.R

#* @get /hello
hw <- function() {
    return("Hello, world!")
}

#* @get /hello/<name>/<age:int>
hw <- function(name, age) {
    return(paste("Hello", name, "You're", age, "years old", seq=" "))
}

#* @get /fn
hw <- function(x) {
    x <- as.numeric(x)
    y <- 2 * x + 1
    return(y)
}

#irisを読み込み
df <- iris

#* @get /plot
#* @png
hw <- function() {
    p <- plot(df$Sepal.Length, df$Sepal.Width, 
        main="Sample plot", xlab="Sepal.Length", ylab="Sepal.Width")
    print(p)
}

イメージのBuild

ファイルに記述できたらbuildしていきます。

# よく使う文字列を環境変数にセット
REGION="ap-northeast-1"
ACCOUNTID=$(aws sts get-caller-identity --output text --query Account)
IMAGENAME="test-plumber"

# build 5分強
docker build -t ${IMAGENAME} .

# テストで起動
docker run --rm -p 8080:80 ${IMAGENAME}

# 別コンソールから
curl localhost:8080/hello
curl localhost:8080/hello/jiro/22

プレビューからでも確認可能です。

コンテナイメージを、ECR にアップロードする

リポジトリ作成

CLIでやっていくため、CFnで作成します。

# ECRリポジトリ作成CFn
touch createECRRepository.yaml

createECRRepository.yaml

AWSTemplateFormatVersion: "2010-09-09"

Resources:
  ########################################################
  ### ECR Repository
  ########################################################
  TestEcrPoc:
    Type: AWS::ECR::Repository
    Properties:
      RepositoryName: test-plumber-ecs
Outputs:    
  RepositoryUri:
    Value: !GetAtt TestEcrPoc.RepositoryUri

ECRを作成して、PUSHします。

# ECRにレポジトリ作成
STACKNAME="create-ecrrepo"
aws cloudformation create-stack --stack-name ${STACKNAME} --template-body file://createECRRepository.yaml --region ${REGION}

# イメージにタグ付与
TAGNAME=`aws cloudformation describe-stacks --stack-name ${STACKNAME} --query "Stacks[].Outputs[?OutputKey=='RepositoryUri'].[OutputValue]"  --output text`:latest
docker tag ${IMAGENAME}:latest ${TAGNAME}

# 認証
aws ecr get-login-password --region ${REGION} | docker login --username AWS --password-stdin ${ACCOUNTID}.dkr.ecr.${REGION}.amazonaws.com

# 作ったイメージをPUSH
docker push ${TAGNAME}

VPC作成

ハンズオンにあるように作ります。詳細はハンズオンを確認ください。

セキュリティグループを修正し、インバウンドルールにHTTPをすべてのIPから有効にする。

クラスターの作成

ECSにてクラスター名とVPCのみ指定して作成します。こちらも詳細はハンズオン資料にあります。

タスク定義

タスク定義ファイミリーと、コンテナ名、イメージURIを設定します。イメージURIは、以下のコマンドの結果を使うと楽かと思います。

echo `aws cloudformation describe-stacks --stack-name ${STACKNAME} --query "Stacks[].Outputs[?OutputKey=='RepositoryUri'].[OutputValue]"  --output text`:latest

作成しました。