概要
Singularityのインストール方法を2種類紹介します。
- 最新の開発バージョンをインストールする
- 特定のバージョンをインストールする
なお、本稿ではLinuxにインストールする方法を説明します。詳細については、公式ページを参照ください。
準備
必要なパッケージをインストールします。
sudo yum -y update
sudo yum -y groupinstall "Development Tools"
sudo yum -y install wget
sudo yum -y install squashfs-tools
sudo yum -y install libarchive-devel
sudoの権限設定を行います。singularityをsudoで実行可能とするためです。
sudo visudo
secure-pathという部分を以下のように変更します。
secure_path = /sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin
以前のバージョンがインストールされている場合には、それらの実行ファイルを削除する必要があります。初めてインストールする場合には、以下のコマンドは不要です。
sudo rm -rf /usr/local/libexec/singularity
操作
最新の開発バージョンをインストールする
公式ページのインストラクションはこちらを参照ください。
git clone https://github.com/singularityware/singularity.git
cd singularity
./autogen.sh
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install
特定のバージョンをインストールする
最新の安定バージョンはGithubで確認できます。
version 2.4.2のインストールを行う場合は以下のようなコマンドとなります。
VERSION=2.4.2
wget https://github.com/singularityware/singularity/releases/download/$VERSION/singularity-$VERSION.tar.gz
tar xvf singularity-$VERSION.tar.gz
cd singularity-$VERSION
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install
確認
正常にsingularityコマンドが使えることを確認します。--helpオプションを使い確認してみます。
singularity --help
以下のような出力が得られます。
USAGE: singularity [global options...] <command> [command options...] ...
GLOBAL OPTIONS:
-d|--debug Print debugging information
-h|--help Display usage summary
-s|--silent Only print errors
-q|--quiet Suppress all normal output
--version Show application version
-v|--verbose Increase verbosity +1
-x|--sh-debug Print shell wrapper debugging information
GENERAL COMMANDS:
help Show additional help for a command or container
selftest Run some self tests for singularity install
CONTAINER USAGE COMMANDS:
exec Execute a command within container
run Launch a runscript within container
shell Run a Bourne shell within container
test Launch a testscript within container
CONTAINER MANAGEMENT COMMANDS:
apps List available apps within a container
bootstrap *Deprecated* use build instead
build Build a new Singularity container
check Perform container lint checks
inspect Display container's metadata
mount Mount a Singularity container image
pull Pull a Singularity/Docker container to $PWD
COMMAND GROUPS:
image Container image command group
instance Persistent instance command group
CONTAINER USAGE OPTIONS:
see singularity help <command>
For any additional help or support visit the Singularity
website: http://singularity.lbl.gov/