document.elementFromPointメソッドで取得できる。
- x:100, y:100の座標にあるエレメントを取得するサンプル
 
var X = 100;
var Y = 100;
var elm = document.elementFromPoint(X, Y);
console.log(elm); 
要素が重なっている場合は、z-indexで一番上にある要素が取得される。
- マウス座標上の要素を取得するサンプル。
 
document.onmousemove = function (e){
	var elm = document.elementFromPoint(e.clientX, e.clientY);
	console.log(elm);
};
テストに使えるかも。