Shopify Store 2.0 に対応するため Shopify ThemeKit から Shopify CLI に移行したのですが、テーマのダウンロード（shopify theme pull）で下記のようなエラー（警告）が出てテーマをダウンロードできず時間を取られたため、解決策を残します。
You can't use Shopify CLI with development stores if you only have Partner staff member access. If you want to use Shopify CLI to work on a development store, then you should be the store owner or create a staff account on the store.
If you're the store owner, then you need to log in to the store directly using the store URL at least once (for example, using xxx.myshopify.com.myshopify.com/admin) before you log in using Shopify CLI. Logging in to the Shopify admin directly connects the development store with your Shopify login.
原因は？
You can't use Shopify CLI with development stores if you only have Partner staff member access. If you want to use Shopify CLI to work on a development store, then you should be the store owner or create a staff account on the store.
訳：パートナースタッフのアクセス権しかない場合、開発用ストアでShopify CLIを使用することはできません。開発店舗でShopify CLIを使用したい場合は、店舗オーナーになるか、店舗にスタッフアカウントを作成する必要があります。
とのことなので、どうやら自分で立ち上げた開発者ストアであるにも関わらず、自身がオーナーとして認識されていないようです。
[設定] -> [ユーザーと権限] を確認してみると、所有者は「Admin <ストア名>」となっています。
以上のことより、パートナーアカウント（開発者アカウント）と開発ストアがうまく紐づいておらず、Shopify CLI で上記のようなエラー（警告）が出ていると考察します。
解決策
- パートナーアカウント（開発者アカウント）及び Shopify CLI から一度ログアウトします。
- 普段は Shopify Partners のページからログインしてストア管理画面に飛んでいると思いますが、一般アカウントのログインページからパートナーアカウントのオーナーアカウントでログインします。
- URLを直打ちで開発ストアへ入ります。(例：https://xxx.myshopify.com/admin)
上記の手順を踏むと、開発ストアの所有者がパートナーアカウント（のオーナーアカウント）に変更されていると思います。
この状態で再度 Shopify CLI でログインして shopify theme pull を実行すると問題なくダウンロードすることができました。
追記
github にこの件に関する issue がありました。